Википедия

Микробиом человека

20 Июл, 2025 / 21:40

Микробиом человека представляет собой совокупность всех микробов, населяющих организм человека, включая такие его участки как кожа, молочные железы, половые органы, легкие, слизистые оболочки, биологические жидкости, желчевыводящие пути и желудочно-кишечный тракт.

image
Микробиота кожи человека, с относительным распространением бактерий различных классов

Микробиом человека включает в себя бактерии, археи, грибы, протисты и вирусы. В контексте геномики термин «микробиом человека» иногда используется для обозначения коллективных геномов резидентных микроорганизмов; Однако термин «метагеном человека» имеет то же значение.

Первая оценка количества микроорганизмов, населяющих человека, говорит о том, что число клеток микробов в десять раз больше, чем число клеток человека, однако более поздние оценки снизили это соотношение до 3: 1 или даже приблизительно до того же числа. Часть микроорганизмов в организме человека являются комменсальными, то есть они сосуществуют, не причиняя вреда людям; другие имеют муталистические (взаимовыгодные) отношения со своими хозяевами. И наоборот, некоторые непатогенные микроорганизмы могут нанести вред организму человека посредством производимых ими метаболитов, таких как триметиламин, который человеческий организм превращает в N-оксид триметиламина посредством окисляющего комплекса . Определенные микроорганизмы выполняют ряд очень важных задач, которые, как известно, полезны для человека-хозяина, однако роль большинства из них не совсем понятна. Нормальной же микробиотой иногда считается та, которая должна присутствовать при нормальных обстоятельствах, не вызывая заболевания.

Для анализа микробиоты человека был проведён проект «Микробиом человека», решающий ряд таких задач как секвенирование и анализ генома микробиоты человека, уделяя особое внимание микробиоте, населяющую кожу, рот, нос, пищеварительный тракт и влагалище. Он достиг вехи в 2012 году, когда опубликовал свои первоначальные результаты.

Терминология

Несмотря на то, что такие термины как флора или микрофлора часто используются в литературе, в технических терминах это является неправильным понятием, поскольку корень слова «флора» относится к растениям, а термин биота относится к совокупности организмов в конкретной экосистеме. В настоящее время применяется более подходящий термин «микробиота», хотя его использование не затмило укоренившееся использование и распознавание флоры в отношении бактерий и других микроорганизмов. Оба термина используются в различной литературе.

ПротерозойАрхейКатархейЛюди (род)Цветковые растенияМлекопитающиединозаврыЖивотныеЭукариотыФотосинтез

image
image
Хронология эволюции, млн. лет

Относительные числа

По состоянию на 2014 год в различных источниках часто сообщалось, что число микробных клеток в организме человека примерно в 10 раз больше, чем число клеток человека. Эта цифра основана на оценках того, что микробиом человека насчитывает порядка 100 триллионов бактериальных клеток, и 10 триллионов собственных клеток взрослого человека. В 2014 году опубликовала часто задаваемые вопросы, в которых подчеркивалось, что число микробных клеток и количество клеток человека являются приблизительными. Также они отметили, что недавние исследования позволили получить новую оценку количества клеток человека  – приблизительно 37,2 триллиона, что означает, что отношение микробных к человеческим клеткам при первоначальной оценке 100 триллионов бактериальных клеток верна, ближе к 3: 1. В 2016 году другой научной группой была произведена новая оценка, показавшая, что соотношение составляет примерно 1: 1.

Исследования

Проблема определения микробиома связана с идентификацией членов микробного сообщества, которое включает бактерии, эукариоты и вирусы. В основном для идентификации этих сообществ используется ДНК, хотя также известны случаи использования РНК, белков и метаболитов. Исследования микробиома на основе ДНК обычно можно отнести к недавним метагеномным исследованиям с использованием метода дробовика (shotgun sequencing) . Данный метод представляет собой целый метагеномный подход, который также можно использовать для изучения функционального потенциала различных сообществ. Одна из проблем, которая присутствует в исследованиях микробиома человека, состоит в том, чтобы в исследование не было вовлечено человеческое ДНК.

Один из основных вопросов, помимо простого анализа микробиома человека, заключается в том, существует ли общий «скелет», либо существует общая группа микроорганизмов, которая в дальнейшем имеет видовое разнообразие у людей. Если такой скелет существует, то можно было бы выявить возникающие болезни в зависимости от изменения видового состава, что является одной из целей проекта «Микробиом человека». Известно, что микробиом человека (микробиом кишечника) сильно варьируется и является уникальным для всех людей, что также наблюдалось у тестируемых групп мышей.

13 июня 2012 года директор NIH Фрэнсис Коллинз сделал заявление о важности проекта «Микробиом человека» (HMP). Заявление сопровождалось серией научных статей, опубликованных в журнале Nature и Публичной научной библиотеке (PLoS) в тот же день. Анализируя карту микробиома здоровых людей с использованием методов секвенирования генома, учёные создали справочную базу данных для нормальных вариаций микробных сообществ. Из 242 здоровых добровольцев были собрано более 5000 биологических образцов, взятых с различных участков тела. В результате был произведён анализ полной ДНК человека и населяющей его микробиоты. Интерпретировать такие данные смогли путём идентификации генов бактериальной рибосомальной РНК, 16S рРНК. Исследователи выявили, что более 10000 видов микроорганизмов составляют сложную экосистему у человека, определив 81-99 % родов в такой экосистеме.

image
Блок-схема, иллюстрирующая, как человеческий микробиом изучается на уровне ДНК.

Метод дробовика

Зачастую бывает невозможным культивировать огромное разнообразие бактерий, архей или вирусов, в лабораторных условиях. Решением проблемы становится внедрение технологий секвенирования, используемых в технологии метагеномики. Анализ полной картины функционирования и характеризация специфичных микробных штаммов несут в себе огромный потенциал для открытий терапии и диагностики состояний здоровья.

Сбор образцов и выделение ДНК

Главная задача состоит в том, чтобы собрать достаточное для анализа количество микробной ДНК, при это сохранив чистоту данного образца; по этой причине используются различные методы обогащения. В частности метод является универсальным инструментом при работе с каждым бактериальным штаммом, где важно изолировать устойчивые участки генома, которые не поддаются быстрому лизису. Механическое разрушение, как правило, более предпочтительно чем химическое.

Подготовка библиотеки данных и секвенирование

Наиболее часто для реакций секвенирования используются такие платформы как Illumina, Ion Torrent, Oxford Nanopore MinION и Sequel. Нет никаких указаний относительно правильного количества образца для его использования.

Сборка метагенома

Несмотря на то, что подход активно используется, существуют некоторые трудности, которые необходимо преодолеть. Охват зависит от обилия каждого генома в его конкретном сообществе; геномы с низкой численностью могут подвергаться фрагментации, если глубина секвенирования недостаточна (используется для того чтобы удалось избежать образования пробелов). К счастью, существуют ассемблеры, упрощающих поиск корреляции для метагенома, поскольку, если присутствуют сотни штаммов, глубина секвенирования должна быть увеличена до максимума.

Контиг биннинг

Априори не известно, ни от какого генома происходит каждый контиг, ни о количестве геномов, присутствующих в образце. Основной целью данного шага является разделение контигов на различные виды. Основополагающие методы для осуществления данного анализа могут быть контролируемые (к примеру, базы данных с известными последовательностями) или неконтролируемые (прямой поиск контиг-групп в собранных данных). Однако оба метода требуют метрики для определения оценки сходства между конкретным контигом и группой, в которую он должен быть помещен, и алгоритма для преобразования сходства в распределении группы.

Анализ результатов после обработки

Необходимо провести ряд статистических анализов таких как ANOVA для подтверждения результатов. Такие тесты могут оценить и определить степень различия между различными группами. Если тесты связаны с графическими инструментами, то можно легко произвести интерпретацию результатов для более лёгкого представления и понимания.

Как только полученный метагеном собран в правильной последовательности, можно получить функциональный потенциал микробиома. Существует ряд проблем при вычислении таких систем, так как системы сборки метагенома имеют более низкое качество из за сложности таких систем, а многие гены могут быть неполными или фрагментированными. После шага идентификации генов, данные могут быть использованы для проведения функциональной аннотации путем множественного выравнивания генов-мишеней с базами данных ортологов.

Маркерный анализ генов

Это техника, в который используются праймеры для наведения на конкретную генетическую область с целью установления филогенетического ряда. Генетическая область характеризуется сильно изменчивой областью, которая может предоставить детальную идентификацию. Наряду с этим, существуют также консервативные области, которые функционируют как места связывания праймеров, используемых в ПЦР. Основным геном, характеризующимбактерии и археи, является 16S рРНК ген, тогда как идентификация грибков основана на (ITS). Этот метод является быстрым и достаточным для получения классификации микробного сообщества. Также метод подходит для загрязнённой ДНК (загрязнением от хозяина). Сродство праймера варьируется среди всех последовательностей ДНК, что может привести к смещению во время реакции амплификации. Следовательно, оптимизация выбора праймера может помочь уменьшить такие ошибки, при учёте полного знания микроорганизмов, присутствующих в образце, и их относительной численности.

Маркерный анализ гена может зависеть от выбора праймера; в этом виде анализ желательно проводить в рамках хорошо проверенного протокола (например, тот, который используется в ). Первый шаг в данном анализа — это удаление ошибок секвенирования. Многие платформы секвенирования очень надежны, но большая часть очевидного разнесения последовательностей по-прежнему обусловлена ошибками в процессе секвенирования. Чтобы уменьшить число этих ошибок, можно воспользоваться объединением последовательностей в (OTU), которая уже в дальнейшем используется в следующем шаге. Но это метод отбрасывает ОНП, поскольку они объединяются в одну OTU. Другой подход основан на , которое включает специфичную информацию о секвенировании рРНК 16s для выявления небольших вариаций нуклеотидов и о различии тесно связанных отличных таксонов. Эти методы дают в качестве выходных данных таблицу последовательностей ДНК и количество различных последовательностей на образец.

Другим важным шагом в анализе является присвоение таксономического названия микробным последовательностям. Это осуществляется использованием подходов, основанных на машинном обучении, достигающие точность на уровне рода около 80 %. Другие популярные аналитические пакеты обеспечивают поддержку таксономической классификации с использованием точных совпадений со справочными базами данных и должны обеспечивать большую специфичность, но обладают более худшей чувствительностью.

Филогенетический анализ

Многие методы, основанные на филогенетическом предположении, используют 16Sр РНК гены для архей и бактерий и 18SRNA гены для эукариотических клеток. Филогенетические сравнительные методы основаны на сравнении множества признаков у микроорганизмов; принцип таков: чем ближе они связаны, тем больше у них общих черт. Обычно эти методы используют с филогенетическим обобщенным методом наименьших квадратов или другими статистическими анализами, для получения более значимых результатов. Обычно это осуществляется на основе приложения , использующей существующие базы данных.

Филогенетическое осведомленное расстояние обычно выполняется с помощью или подобных инструментов, таких как индекс Сорезена или индекс Рао, для количественной оценки различий между различными сообществами. На все эти методы негативно влияет горизонтальный перенос генов (HGT), поскольку это может привести к ошибкам и привести к корреляции отдаленных видов. Существуют различные способы снижения негативного воздействия HGT: использование нескольких генов или вычислительных инструментов для оценки вероятности предполагаемых событий HGT.

Типы микробов

Бактерии

Бактерии и грибки населяют кожу и слизистые оболочки в различных частях тела. Их роль является частью построения нормальной, здоровой физиологии человека, однако, если численность микробов выходит за пределы их типичного диапазона (часто из-за нарушения иммунной системы), или если микробы заселяют (например, из-за плохой гигиены или травмы) участки тела, как правило, не колонизированные или стерильные (например, кровь или нижние дыхательные пути или брюшная полость) это может привести к серьёзным заболеваниям (вызывающему, соответственно, бактериемию/сепсис, пневмонию и перитонит).

Результаты работы над проектом «Микробиом человека» показали, что у людей содержатся тысячи видов бактерий со своими особенностями на различных участках тела. Такие участки как кожа и влагалище обладают меньшим видовым разнообразием, чем рот и кишечник, где разнообразие крайне велико. Также, бактерии одного и того же вида, обнаруженные в ротовой полости, имеют несколько подтипов, обитающих в разных местах полости рта.

Согласно проведённой оценке, от 500 до 1,000 видов бактерий, проживающих в кишечнике человека принадлежат нескольким группам: в основном преобладают Firmicutes и Bacteroidetes, но встречаются и Proteobacteria, , Actinobacteria, Fusobacteria и Cyanobacteria.

Ряд таких бактерий как, Actinomyces viscosus и A. naeslundii, обитают в полости рта и являются частью липкого вещества, называемого зубным налётом. Если они не удалены во время чистки, вся масса затвердевает и образует зубной камень. Некоторые бактерии выделяют ряд кислот, растворяющих зубную эмаль, вызывая кариес.

Микрофлора влагалища состоит в основном из различных видов лактобацилл. Долгое время считалось, что наиболее распространенным из этих видов был Lactobacillus acidophilus, но позже было показано, что на самом деле наиболее распространенным является , за которым следует . Другими лактобациллами, обнаруженными во влагалище, являются , L. delbruekii и . Нарушение микрофлоры влагалища может привести к инфекциям, таким как бактериальный вагиноз или кандидоз.

Археи

Археи присутствуют в кишечнике человека, но в гораздо более меньших количествах чем бактерии. Преобладающей группой являются метаногены, в частности and . Однако только около 50 % людей имеют легко детектируемые разновидности данных архей.

По состоянию на 2007 год, не было обнаружено явных примеров патогенов, несмотря на то, что была предложена взаимосвязь между присутствием некоторых метаногенов и пародонтитом.

Грибы

Грибы, в частности дрожжи, присутствуют в кишечнике человека. Наиболее изученными являются штаммы Кандиды из-за их способности становиться патогенными при иммунодефиците, или даже вызывая нарушения у здорового хозяина. Часть грибов колонизирует кожу, такие как штаммы , где они потребляют масла, выработанных из сальных желез.

Вирусы

Вирусы, в особенности бактериальные вирусы (бактериофаги), населяют различные участки тела включая кожу, кишечник, лёгкие, ротовую полость. Была установлена взаимосвязь вирусов с некоторыми заболеваниями. Вирусы отражают сложность взаимоотношений с бактериальными сообществами.

Анатомические зоны

Кожа

Исследование 20 участков кожи на каждом из десяти здоровых людей выявило 205 идентифицированных родов в 19 бактериальных типах, при этом большинство бактерий принадлежит четырем типам: Actinobacteria (51.8 %), Firmicutes (24.4 %), Proteobacteria (16.5 %), and Bacteroidetes (6.3 %). На здоровой коже человека присутствует большое количество грибковых родов с некоторыми изменениями по областям тела; однако при патологических состояниях определенные роды имеют тенденцию доминировать в пораженной области (к примеру при атопическом дерматите преобладают Malassezia).

Кожа служит барьером для предотвращения проникновения патогенных микробов, являясь их постоянными или временным местом обитания. Типы резидентных микроорганизмов различаются в зависимости от типа кожи на теле человека. Большинство микробов находятся на поверхностных клетках кожи или предпочитают связываться с железами (сальными или потовыми), так как они снабжают микробов водой, аминокислотами, жирными кислотами и другими питательными веществами.

Слизистая оболочка глаз

Небольшое количество грибов и бактерий обычно присутствуют в конъюктиве , включая Грамположительные кокки (Staphylococcus и Streptococcus), Грамотрицатльные палочки и кокки ( and Neisseria) и грибки (Candida, Aspergillus, and Penicillium. Слезы содержат бактерициды, такие как лизоцим, так что микроорганизмам трудно выжить и колонизировать эпителиальные поверхности.

Желудочно-кишечный тракт

Микробиом человека появляется с рождением и зависит от того, каким путём ребёнок был рождён. К примеру рождение детей Кесаревым сечением привносит более патогенную микрофлору такую как Escherichia coli и Staphylococcus и гораздо увеличивает время развития непатогенной, полезной микробиоты. У детей рожденных вагинально наблюдается нормальная, непатогенная полезная микробиота схожая по составу с материнской.

image
Диаграмма показывает метаболизм триптофана к индолу и производным индола в толстой кишке. Clostridium sporogenes метаболизирует индол в 3-индолпропионовую кислоту (IPA), высокоэффективный нейропротекторный антиоксидант. В кишечнике IPA связывается с рецепторами прегнана X (PXR), тем самым способствуя гомеостазу слизистой оболочки и барьерной функции. После всасывания и распределения в мозг, IPA оказывает нейропротекторное действие против церебральной ишемии и болезни Альцгеймера. Виды Lactobacillus метаболизируют индол в индол-3-альдегид (I3A), который действует на арильный углеводородный рецептор (AhR) в кишечных иммунных клетках, в свою очередь увеличивая выработку интерлейкина-22 (IL-22). Активация AhR заметно влияет на иммунитет кишечника, поддерживая функцию эпителиального барьера, повышая иммунную толерантность к комменсальной микробиоте и защищает от патогенных инфекций. Сам индол действует как секретирующий глюкагон-подобный пептид-1 (GLP-1) в клетках кишечника L и как лиганд для AhR. Индол также может метаболизироваться печенью в индоксилсульфат, соединение, которое в высоких концентрациях вредно для здоровья человека. Накопление индоксилсульфата в плазме крови токсично и связано с сосудистыми заболеваниями и почечной дисфункцией. AST-120 (активированный уголь), кишечный сорбент, который принимается внутрь, адсорбирует индол, в свою очередь, уменьшая концентрацию индоксилсульфата в плазме крови.

Отношения между кишечной микробиотой и организмом человека не только комменсальные (безвредное сосуществование), а скорее a мутуалистическое (взаимовыгодное). Некоторые микроорганизмы в кишечнике помогают хозяину усваивать различные пищевые волокна в короткоцепочечные жирные кислоты, такие как уксусная кислота или масляная кислота, которые в дальнейшем поглощаются организмом человека. Бактерии кишечника играют важную роль в синтезе Витамина B и Витамина K, также метаболизируя жёлчные кислоты, стерины, и ксенобиотики. В результате метаболических циклов бактерии производят вещества подобные гормонам, и по всей видимости микробиота функционирует как эндокринная железа. Нарушение регуляции кишечной микробиоты коррелировало с множеством воспалительных и аутоиммунных состояний.

Состав кишечной флоры человека изменяется со временем, когда меняется диета, а также по мере изменения общего состояния здоровья.Систематический обзор 15 рандомизированных контролируемых исследований на людях с июля 2016 года показал, что некоторые коммерчески доступные штаммы пробиотических бактерий из родов Bifidobacterium и Lactobacillus (B. longum, , B. infantis, , , и ) при приеме внутрь в суточных дозах 10 9 −10 10 колониеобразующие единицы (КОЕ) для 1-2 месяцев, обладают лечебными действиями (то есть улучшают поведенческие результаты) при некоторых  — включая тревогу, депрессию, расстройства аутистического спектра и обсессивно-компульсивное расстройство — и улучшает определенные аспекты памяти . Однако, изменения микробиома также могут вызвать пагубные состояния для здоровья. В работе Musso et al., Было обнаружено, что кишечная микробиота у особей с ожирением имеет больше бактерий типа Firmicutes и меньше Bacteroidetes, чем у здоровых людей. Другое исследование, проведённое Gordon et al., подтвердило, что именно состав микробиоты вызывает ожирение, а не наоборот. Это было сделано путем трансплантации кишечной микробиоты от мышей с ожирением, или мышей со специальной диетой к мышам контрольной группы мышам, лишенным микробиома. Они обнаружили, что у мышей, которым трансплантировали микробиоту кишечника от мышей больных ожирением уровень жира оказался гораздо выше при одинаковом питании нежели чем у мышей, которым пересадили микробиом, от животных с диетой.

Уретра и мочевой пузырь

Похоже, что в мочеполовой системе имеется микробиота, что является неожиданным фактом, по причине отсутствия результатов при анализе классическими лабораторными микробиологическими методами культивирования для обнаружения ; . Классические методы культивирования не обнаруживают многие виды бактерий и других микроорганизмов. Однако на основе методов секвенирования была произведена идентификация микроорганизмов, с целью определения есть ли различия в микробиоте между здоровыми людьми и людьми с проблемами мочевыводящих путей.

Влагалище

Микроорганизмы заселяют влагалище девочки в первый день её жизни. 90 % этих микроорганизмов — лактобациллы, питающиеся гликогеном из отмерших клеток слизистой влагалища и выделяющие молочную кислоту, которая снижает pH слизистой до 4–4,5, что препятствует размножению болезнетворных и условно-патогенных микроорганизмов.

Микробиота влагалища включает в себя микроорганизмы, которые играют важную роль в защите от инфекций и поддержании здоровья влагалища. Наиболее распространенные микроорганизмы, обнаруженные у женщин в пременопаузе, относятся к роду Lactobacillus, подавляющие рост патогенных организмов производством молочной кислоты Композиция микробиоты сильно зависит от стадии менструального цикла.. Была установлена взаимосвязь между половыми актами, приёмами антибиотиков и потерей лактобацилл в организме женщин. В 2012 году в одном исследовании отмечено, что половой акт с презервативом, по-видимому, изменяет уровень лактобацилл и увеличивает уровень кишечной палочки во влагалище. Все изменения, происходящие в здоровой вагинальной микробиоте, могут указывать на развитие различных инфекций, включая кандидоз или бактериальный вагиноз.

Плацента

До недавнего времени плацента считалась стерильной, однако было выявлено несколько непатогенных бактерий, находящихся в плацентарной ткани.

Матка

До недавнего времени верхний репродуктивный тракт женщины считался стерильной средой. Разнообразные микроорганизмы населяют матку здоровых, бессимптомных женщин репродуктивного возраста. Микробиом матки значительно отличается от микробиома влагалища и желудочно-кишечного тракта.

Ротовая полость

В полости рта создаются необходимые условия для роста микроорганизмов, включая воду, питательные вещества и подходящую температуру. Анаэробные бактерии в полости рта включают в себя: Actinomyces, , Bacteroides, Bifidobacterium, Eubacterium, , Lactobacillus, , , Peptostreptococcus, , , Veillella, . Роды грибов, включают, среди прочих: Candida, Cladosporium, Aspergillus, Fusarium, , Alternaria, Penicillium и Cryptococcus .

Бактерии накапливаются как в твердых, так и в мягких тканях полости рта, в биопленке, позволяя им прилипать . В результате они получают защиту от факторов окружающей среды и противомикробных агентов. Слюна играет ключевую роль в поддержании условий для роста биоплёнки и реколонизацию бактерий, поставляя питательные вещества и регулируя температуру. Также контролирует рост микроорганизмов посредством вымывания части биоплёнки.

Бактерии в полости рта развили механизмы, чтобы чувствовать их окружающую среду и избегать внесение изменений в организм хозяина. Тем не менее, высокоэффективная врожденная система защиты человека постоянно контролирует бактериальную колонизацию и предотвращает бактериальную инвазию в локальные ткани. Существует динамическое равновесие между бактериями зубного налета и врожденной защитной системой организма.

Здоровое равновесие представляет собой некий симбиоз, когда микробы из полости рта ограничивают рост и присоединение болезнетворных микроорганизмов, а организм человека обеспечивает условия для их роста и развития. Изменение жизни человека, включая его иммунную систему, питание, преобразование видового состава нарушает данное равновесие из взаимовыгодного в паразитическое. Было показано, что сахарный диабет и сердечно-сосудистые заболевания связаны со здоровьем полости рта.

Постоянная гигиена полости рта является основным методом для предотвращения развития различных заболеваний. Очистка полости рта уменьшает — разрастание потенциальных патогенных бактерий. Однако правильной гигиены полости рта может быть недостаточно, так как это сложная система, в которой нужно учитывать иммунный ответ, генетику и видовой состав. Антибиотики могут быть использованы при борьбе с инфекциями, однако могут быть неэффективны против биоплёнок.

Лёгкие

Как и в случае полости рта, верхняя и нижняя дыхательная система обладают механическими средствами для удаления микробов. Бокаловидные клетки производят выделения, которые захватывают микробов и выводят их из дыхательной системы через непрерывно движущиеся ресничные эпителиальные клетки. Наряду с этим, бактерицидный эффект достигается содержанием лизоцима в слизи. Легочная микробиота принадлежит 9 родам: Prevotella, Sphingomonas, Pseudomonas, Acinetobacter, Fusobacterium, Megasphaera, Veillonella, Staphylococcus, и Streptococcus. Считается, что некоторые из этих «нормальных» бактерий могут вызвать очень серьёзные заболевания, особенно у людей с ослабленным иммунитетом. Бактерии включают в себя: Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, и taphylococcus aureus. Грибковые роды, которые составляют легочный микобиом, включают Candida, Malassezia, Neosartorya, Saccharomyces, Aspergillus и другие.

Необычное распределение бактериальных и грибковых родов в дыхательных путях наблюдается у людей с муковисцидозом. Их бактериальная среда часто содержит устойчивые к антибиотикам и медленно растущие бактерии, и частота этих патогенов изменяется в зависимости от возраста.

Жёлчный тракт

Традиционно считается, что жёлчные пути обычно стерильны, а наличие микроорганизмов в желчи является маркером патологического процесса. Это предположение было подтверждено неудачей в выделении бактериальных штаммов из нормального желчного протока. В 2013 году было показано что нормальная микробиота желчевыводящих путей представляет собой отдельный функциональный слой, который защищает желчный тракт от колонизации экзогенными микроорганизмами.

Болезнь и смерть

Метагеномные и эпидемиологические исследования показывают важную роль для человеческого микробиома в предотвращении широкого спектра заболеваний, от сахарного диабета 2 типа, ожирения, воспалительных заболеваний кишечника до болезни Паркинсона и даже психиатрических заболеваний, таких как депрессия. Симбиотические отношения между микробиотой кишечника и различными бактериями могут влиять на иммунный ответ человека. Некоторые исследования показывают, что лечение с помощью коррекции микробиома может быть эффективным для лечения диабета.

Рак

Несмотря на то, что рак является смесью генетических заболеваний и факторов окружающей среды, микробы вовлечены в 20 % случаев его развития. Некоторые факторы рака толстой кишки показывают, что в толстой кишке число бактерий в миллион раз выше, чем в тонкой кишке, и примерно в 12 раз больше случаев рака в толстой кишке по сравнению с тонкой кишкой, что, возможно, устанавливает патогенную роль микробиоты в раке прямой кишки, Микробный анализ может быть использован в качестве прогностического инструмента при оценке колоректального рака.

Микробиота может влиять на канцерогенез тремя основными путями: (i) изменением баланса пролиферации и гибели опухолевых клеток, (ii) регулированием функции иммунной системы и (iii) влиянием на метаболизм, изменяя усвояемость принимаемых пищевых продуктов и фармацевтических препаратов. Опухоли, развивающиеся на различных участках обычно включают микробиоту. Микробы в данных местах лучше приспосабливаются на основе пониженного содержания кислорода или источника дополнительного питания. Уменьшение популяции специфичных микробов или вызванный окислительный стресс могут увеличить риск развития рака. Из 1030 всех известных микробов, 10 из них выделены Международным агентством по изучению рака как канцерогенные. Бактерии могут выделять белки или другие факторы, которые непосредственно управляют пролиферацией клеток человека, что может усиливать или ослаблять иммунную систему хозяина, в том числе вызывать острое или хроническое воспаление.

Нарушение равновесия между хозяином и микробиотой снижает устойчивость к злокачественным новообразованиям, возможно вызывая воспаление и рак. После преодоления защитных барьеров микробы вызывают провоспалительные или иммуносупрессивные программы различными путями. Например, связанные с раком микробы, по-видимому, активируют передачу сигналов NF-κΒ в микроокружении опухоли. Другие рецепторы, такие как Nod-подобные рецепторы могут играть роль в опосредовании колоректального рака. Аналогично Helicobacter pylori aпо-видимому, увеличивает риск рака желудка из-за его хронической воспалительной реакции в желудке.

Воспалительное заболевание кишечника

Воспалительное заболевание кишечника включают в себя язвенный колит и болезнь Крона. Эти заболевания сопровождаются нарушением состава в микробиоте кишечника (также известным как дисбиоз) и проявляется в форме уменьшения микробного разнообразия в кишечнике. Было установлено, что дисбиоз коррелирует с дефектами генов хозяина, которые изменяют врожденный иммунный ответ у людей.

Вирус иммунодефицита человека

Развитие заболевания ВИЧ влияет на изменение кишечной микробиоты. Вирус нарушает целостность эпителиального барьера, воздействуя на плотные контакты. Эти расстройства приводят к развитию воспалений у людей с ВИЧ.

Вагинальная микробиота играет роль в передаче ВИЧ. Создаётся увеличенный риск получения заболевания, если у женщины обнаружен бактериальный вагиноз. Однако снижение инфекционности наблюдается при увеличении уровня Lactobacillus влагалища, что способствует развитию противовоспалительного состояния.

Миграция

Предварительные исследования показывают, что немедленные изменения микробиома человека могут произойти при его переезде в другую страну. Установлено, что уменьшение видового разнообразия было значительно выше у людей с ожирением и детей эмигрантов.

Анализ микробиома

В настоящее время, по всему миру реализуются коммерческие решения для анализа микробиома человека. Биотехнологические компании предоставляет услуги по тестированию и анализу микробиоты, особенно кишечной флоры, и дают советы по питанию. Так, начиная с 2012 года появился первый коммерческий продукт от компании uBiome (в настоящее время не существует) и дальнейшее развитие направления такими компаниями как Viome, BIOHM,Thryve, iBIOM, включая отечественные Atlas и другие.

Изменения микробиома у пациентов с COVID-19

Недавние работы показывают возможную зависимость изменения микробиоты здорового человека после заражения вирусом SARS-CoV-2. У пациентов с COVID-19 наблюдались значительные изменения в микробиоте по сравнению с контрольной группой, характеризующиеся обогащением условно-патогенных микроорганизмов и истощением полезных бактерий во время болезни. Базовая численность бактерий Coprobacillus, Clostridium ramosum и Clostridium hathewayi коррелировала с тяжестью COVID-19, в то время как наблюдалась обратная корреляция между численностью Faecalibacterium prausnitzii (противовоспалительные бактерии) и тяжестью заболевания.

Примечания

  1. The vocabulary of microbiome research: a proposal (неопр.) // Microbiome. — 2015. — Т. 3. — С. 31. — doi:10.1186/s40168-015-0094-5. — PMID 26229597.
  2. Нас много. Микробиота современного человека • Библиотека. «Элементы». Архивировано 19 июля 2025. Дата обращения: 19 июля 2025.
  3. Стома И.О. Микробиом в медицине: руководство для врачей. — Москва: ГЭОТАР-Медиа, 2020. — 320 с. — ISBN 978-5-9704-5844-0. Архивировано 27 февраля 2022 года.
  4. Sherwood, Linda; Willey, Joanne; Woolverton, Christopher. Prescott's Microbiology (неопр.). — 9th. — New York: McGraw-Hill Education, 2013. — С. 713—721. — ISBN 9780073402406.
  5. American Academy of Microbiology FAQ: Human Microbiome [{{{1}}} Архивировано] {{{2}}}. January 2014
  6. Judah L. Rosner for Microbe Magazine, February 2014. Ten Times More Microbial Cells than Body Cells in Humans? Архивная копия от 17 сентября 2020 на Wayback Machine
  7. Alison Abbott for Nature News. 8 January 2016 Scientists bust myth that our bodies have more bacteria than human cells Архивная копия от 17 января 2021 на Wayback Machine
  8. Sender, R. Are We Really Vastly Outnumbered? Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2016. — January (vol. 164, no. 3). — P. 337—340. — doi:10.1016/j.cell.2016.01.013. — PMID 26824647.
  9. Quigley, E. M. Gut bacteria in health and disease (неопр.) // Gastroenterol Hepatol (N Y). — 2013. — Т. 9, № 9. — С. 560—569. — PMID 24729765.
  10. Microbiology Meets Big Data: The Case of Gut Microbiota-Derived Trimethylamine (англ.) // Annu. Rev. Microbiol. : journal. — 2015. — Vol. 69. — P. 305—321. — doi:10.1146/annurev-micro-091014-104422. — PMID 26274026.
  11. Archaea and the human gut: new beginning of an old story (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — November (vol. 20, no. 43). — P. 16062—16078. — doi:10.3748/wjg.v20.i43.16062. — PMID 25473158.
  12. NIH Human Microbiome Project defines normal bacterial makeup of the body. NIH News (13 июня 2012). Дата обращения: 3 февраля 2020. Архивировано 17 июня 2012 года.
  13. NIH Human Microbiome Working Group. The NIH Human Microbiome Project (англ.) // Genome Res : journal. — 2009. — Vol. 19, no. 12. — P. 2317—2323. — doi:10.1101/gr.096651.109. — PMID 19819907.
  14. Kuczynski, J. et al. Experimental and analytical tools for studying the human microbiome (англ.) // Nature Reviews Genetics : journal. — 2011. — Vol. 13, no. 1. — P. 47—58. — doi:10.1038/nrg3129. — PMID 22179717.
  15. Vestheim, H. Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples – a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs (англ.) // [англ.] : journal. — 2008. — Vol. 5. — P. 12. — doi:10.1186/1742-9994-5-12. — PMID 18638418.
  16. Tap; Julien; Mondot et al. Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core (англ.) // Environmental Microbiology : journal. — 2009. — Vol. 11, no. 102. — P. 2574—2584. — doi:10.1111/j.1462-2920.2009.01982.x. — PMID 19601958.
  17. Hamady, M.; Knight, R. Microbial community profiling for human microbiome projects: Tools, techniques, and challenges (англ.) // Genome Research : journal. — 2009. — Vol. 19, no. 7. — P. 1141—1152. — doi:10.1101/gr.085464.108. — PMID 19383763. — PMC 3776646.
  18. Human Microbiome Project Consortium. A framework for human microbiome research (англ.) // Nature. — 2012. — Vol. 486, no. 7402. — P. 215—221. — doi:10.1038/nature11209. — Bibcode: 2012Natur.486..215T. — PMID 22699610.
  19. The Human Microbiome Project Consortium. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome (англ.) // Nature : journal. — 2012. — Vol. 486, no. 7402. — P. 207—214. — doi:10.1038/nature11234. — Bibcode: 2012Natur.486..207T. — PMID 22699609.
  20. Quince, Christopher. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group, 2017. — 12 September (vol. 35, no. 9). — P. 833—844. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/nbt.3935. — PMID 28898207.
  21. Claesson, Marcus J. A clinician's guide to microbiome analysis (англ.) // Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology : journal. — 2017. — 9 August (vol. 14, no. 10). — P. 585—595. — ISSN 1759-5045. — doi:10.1038/nrgastro.2017.97. — PMID 28790452.
  22. Knight, Rob. Best practices for analysing microbiomes (англ.) // Nature Reviews Microbiology : journal. — 2018. — 23 May (vol. 16, no. 7). — P. 410—422. — ISSN 1740-1526. — doi:10.1038/s41579-018-0029-9. — PMID 29795328.
  23. Washburne, Alex D. Methods for phylogenetic analysis of microbiome data (англ.) // [англ.] : journal. — 2018. — 24 May (vol. 3, no. 6). — P. 652—661. — ISSN 2058-5276. — doi:10.1038/s41564-018-0156-0. — PMID 29795540.
  24. E. S. Van Amersfoort, T. J. C. Van Berkel, J. Kuiper. Receptors, Mediators, and Mechanisms Involved in Bacterial Sepsis and Septic Shock (англ.) // Clinical Microbiology Reviews. — 2003-07-01. — Vol. 16, iss. 3. — P. 379—414. — ISSN 0893-8512. — doi:10.1128/CMR.16.3.379-414.2003.
  25. PLoS Human Microbiome Project Collection Manuscript Summaries Архивная копия от 4 марта 2014 на Wayback Machine 13 June 2012
  26. Consortium of Scientists Map the Human Body's Bacterial Ecosystem. ucsf.edu. Дата обращения: 3 февраля 2020. Архивировано 30 июля 2019 года.
  27. Sommer, F. The gut microbiota—masters of host development and physiology (англ.) // Nat Rev Microbiol : journal. — 2013. — April (vol. 11, no. 4). — P. 227—238. — doi:10.1038/nrmicro2974. — PMID 23435359.
  28. Diversity of the human intestinal microbial flora (англ.) // Science. — 2005. — Vol. 308, no. 5728. — P. 1635—1638. — doi:10.1126/science.1110591. — Bibcode: 2005Sci...308.1635E. — PMID 15831718.
  29. Cultivable bacterial diversity from the human colon (англ.) // Lett. Appl. Microbiol. : journal. — 2007. — Vol. 44, no. 4. — P. 343—350. — doi:10.1111/j.1472-765X.2007.02129.x. — PMID 17397470.
  30. Shared and unique environmental factors determine the ecology of methanogens in humans and rats (англ.) // [англ.] : journal. — 2000. — Vol. 95, no. 10. — P. 2872—2879. — doi:10.1111/j.1572-0241.2000.02319.x. — PMID 11051362.
  31. Archaea and their potential role in human disease (англ.) // [англ.] : journal. — 2003. — Vol. 71, no. 2. — P. 591—596. — doi:10.1128/IAI.71.2.591-596.2003. — PMID 12540534.
  32. Pathogenic archaea: do they exist? (англ.) // [англ.] : journal. — 2003. — Vol. 25, no. 11. — P. 1119—1128. — doi:10.1002/bies.10354. — PMID 14579252.
  33. Methanogenic Archaea and human periodontal disease (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2004. — Vol. 101, no. 16. — P. 6176—6181. — doi:10.1073/pnas.0308766101. — Bibcode: 2004PNAS..101.6176L. — PMID 15067114.
  34. The human mycobiome in health and disease (англ.) // [англ.] : journal. — 2013. — July (vol. 5, no. 7). — P. 63. — doi:10.1186/gm467. — PMID 23899327.
  35. Candidiasis: predisposing factors, prevention, diagnosis and alternative treatment (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — June (vol. 177, no. 5—6). — P. 223—240. — doi:10.1007/s11046-014-9749-1. — PMID 24789109. Архивировано 17 августа 2017 года.
  36. Review article: fungal microbiota and digestive diseases (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — April (vol. 39, no. 8). — P. 751—766. — doi:10.1111/apt.12665. — PMID 24612332.
  37. Small intestinal fungal overgrowth (неопр.) // Curr Gastroenterol Rep. — 2015. — April (т. 17, № 4). — С. 16. — doi:10.1007/s11894-015-0436-2. — PMID 25786900.
  38. Human infections due to Malassezia spp (англ.) // [англ.] : journal. — [англ.], 1992. — 1 April (vol. 5, no. 2). — P. 101—119. — doi:10.1128/CMR.5.2.101. — PMID 1576583.
  39. Microbial ecology of the skin (англ.) // Annu. Rev. Microbiol.. — 1988. — Vol. 42, no. 1. — P. 441—464. — doi:10.1146/annurev.mi.42.100188.002301. — PMID 3144238.
  40. Hannigan, Geoffrey D. The Human Skin Double-Stranded DNA Virome: Topographical and Temporal Diversity, Genetic Enrichment, and Dynamic Associations with the Host Microbiome (англ.) // [англ.] : journal. — 2015. — 30 October (vol. 6, no. 5). — P. e01578—15. — doi:10.1128/mBio.01578-15. — PMID 26489866.
  41. Minot, Samuel. The human gut virome: inter-individual variation and dynamic response to diet (англ.) // Genome Research : journal. — 2011. — 1 October (vol. 21, no. 10). — P. 1616—1625. — doi:10.1101/gr.122705.111. — PMID 21880779.
  42. Young, J. C. Viral metagenomics reveal blooms of anelloviruses in the respiratory tract of lung transplant recipients (англ.) // [англ.] : journal. — 2015. — 1 January (vol. 15, no. 1). — P. 200—209. — doi:10.1111/ajt.13031. — PMID 25403800.
  43. Abeles, Shira R. Human oral viruses are personal, persistent and gender-consistent (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — 1 September (vol. 8, no. 9). — P. 1753—1767. — doi:10.1038/ismej.2014.31. — PMID 24646696.
  44. Ly, Melissa. Altered Oral Viral Ecology in Association with Periodontal Disease (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — 1 July (vol. 5, no. 3). — P. e01133—14. — doi:10.1128/mBio.01133-14. — PMID 24846382.
  45. Monaco, Cynthia L. Altered Virome and Bacterial Microbiome in Human Immunodeficiency Virus-Associated Acquired Immunodeficiency Syndrome (англ.) // [англ.] : journal. — 2016. — 9 March (vol. 19, no. 3). — P. 311—322. — doi:10.1016/j.chom.2016.02.011. — PMID 26962942.
  46. Norman, Jason M. Disease-specific alterations in the enteric virome in inflammatory bowel disease (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2015. — 29 January (vol. 160, no. 3). — P. 447—460. — doi:10.1016/j.cell.2015.01.002. — PMID 25619688.
  47. Grice, Elizabeth A. Topographical and Temporal Diversity of the Human Skin Microbiome (англ.) // Science : journal. — 2006. — Vol. 324, no. 5931. — P. 1190—1192. — doi:10.1126/science.1171700. — Bibcode: 2009Sci...324.1190G. — PMID 19478181.
  48. The Normal Bacterial Flora of Humans. textbookofbacteriology.net. Дата обращения: 3 февраля 2020. Архивировано 18 декабря 2017 года.
  49. Yang, Irene. The Infant Microbiome (англ.) // [англ.] : journal. — 2016. — Vol. 65, no. 1. — P. 76—88. — doi:10.1097/NNR.0000000000000133. — PMID 26657483.
  50. Wall, R. Role of Gut Microbiota in Early Infant Development (неопр.) // Clinical Medicine. Pediatrics. — 2009. — 4 March (т. 3). — С. 45—54. — ISSN 1178-220X. — doi:10.4137/cmped.s2008. — PMID 23818794.
  51. Mueller, Noel T. The infant microbiome development: mom matters (англ.) // [англ.] : journal. — Cell Press, 2015. — February (vol. 21, no. 2). — P. 109—117. — doi:10.1016/j.molmed.2014.12.002. — PMID 25578246.
  52. Clarke, G. et al. Minireview: Gut microbiota: the neglected endocrine organ (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — August (vol. 28, no. 8). — P. 1221—1238. — doi:10.1210/me.2014-1108. — PMID 24892638.
  53. Shen, S. Bugging inflammation: role of the gut microbiota (неопр.) // Clin Transl Immunology. — 2016. — Т. 5, № 4. — doi:10.1038/cti.2016.12. — PMID 27195115.
  54. Effect of probiotics on central nervous system functions in animals and humans – a systematic review (англ.) // J. Neurogastroenterol Motil. : journal. — 2016. — July (vol. 22, no. 4). — P. 589—605. — doi:10.5056/jnm16018. — PMID 27413138.
  55. Musso, G. Obesity, Diabetes, and Gut Microbiota: The hygiene hypothesis expanded? (англ.) // [англ.] : journal. — 2010. — 28 September (vol. 33, no. 10). — P. 2277—2284. — doi:10.2337/dc10-0556. — PMID 20876708.
  56. Turnbaugh, Peter J. Diet-Induced Obesity Is Linked to Marked but Reversible Alterations in the Mouse Distal Gut Microbiome (англ.) // [англ.] : journal. — 2008. — April (vol. 3, no. 4). — P. 213—223. — doi:10.1016/j.chom.2008.02.015. — PMID 18407065.
  57. Drake, M. J. The urinary microbiome and its contribution to lower urinary tract symptoms (англ.) // Neurourology and Urodynamics : journal. — 2017. — April (vol. 36, no. 4). — P. 850—853. — doi:10.1002/nau.23006. — PMID 28444712. Архивировано 3 февраля 2020 года.
  58. Aragón, I. M. The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease (англ.) // European Urology Focus : journal. — 2018. — January (vol. 4, no. 1). — P. 128—138. — doi:10.1016/j.euf.2016.11.001. — PMID 28753805.
  59. Schmiemann, G. The Diagnosis of Urinary Tract Infection: A Systematic Review (англ.) // Deutsches Aerzteblatt Online : journal. — 2010. — Vol. 107, no. 21. — P. 361—367. — doi:10.3238/arztebl.2010.0361. — PMID 20539810.
  60. Давыдов, Д. Говорят, что дисбиоз влагалища очень сложно вылечить. Правда? : [арх. 28 августа 2023] // Тинькофф-журнал. — 2023. — 18 августа.
  61. Sobel, J. D. Vaginitis in adults: Initial evaluation : [англ.] // Up To Date. — 2023. — July.
  62. Petrova, Mariya I. Lactobacillus species as biomarkers and agents that can promote various aspects of vaginal health (англ.) // Frontiers in Physiology : journal. — 2015. — Vol. 6. — P. 81. — doi:10.3389/fphys.2015.00081. — PMID 25859220.
  63. Review article: fungal microbiota and digestive diseases (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — April (vol. 39, no. 8). — P. 751—766. — doi:10.1111/apt.12665. — PMID 24612332.
  64. Witkin, S. S. Bacterial flora of the female genital tract: Function and immune regulation (англ.) // Best Practice & Research Clinical Obstetrics & Gynaecology : journal. — 2007. — Vol. 21, no. 3. — P. 347—354. — doi:10.1016/j.bpobgyn.2006.12.004. — PMID 17215167.
  65. Onderdonk, A. B. Methods for quantitative and qualitative evaluation of vaginal microflora during menstruation (англ.) // [англ.] : journal. — 1986. — Vol. 51, no. 2. — P. 333—339. — PMID 3954346.
  66. Fox, Chelsea. Maternal microbiome and pregnancy outcomes (неопр.) // Fertility and Sterility. — 2015. — Т. 104, № 6. — С. 1358—1363. — doi:10.1016/j.fertnstert.2015.09.037. — PMID 26493119.
  67. Wassenaar, T.M. Is a foetus developing in a sterile environment? (неопр.) // Letters in Applied Microbiology. — 2014. — Т. 59, № 6. — С. 572—579. — doi:10.1111/lam.12334. — PMID 25273890.
  68. Schwiertz, Andreas. Microbiota of the human body : implications in health and disease (англ.). — 2016. — ISBN 978-3-319-31248-4.
  69. Franasiak, Jason M. Reproductive tract microbiome in assisted reproductive technologies (англ.) // Fertility and Sterility : journal. — 2015. — Vol. 104, no. 6. — P. 1364—1371. — doi:10.1016/j.fertnstert.2015.10.012. — PMID 26597628.
  70. Sutter, V. L. Anaerobes as normal oral flora (англ.) // [англ.] : journal. — 1984. — Vol. 6 Suppl 1. — P. S62—S66. — doi:10.1093/clinids/6.Supplement_1.S62. — PMID 6372039.
  71. Purnima, Kumar. Oral microbiota and systemic disease (неопр.) // Anaerobe. — 2013. — December (т. 24). — С. 90—93. — doi:10.1016/j.anaerobe.2013.09.010. — PMID 24128801.
  72. Arweiler, Nicole B.; Netuschil, Lutz. Microbiota of the Human Body: Implications in Health and Disease (англ.). — Springer, Cham. — P. 45—60. — ISBN 978-3-319-31248-4.
  73. Avila, Maria. The Oral Microbiota: Living with a Permanent Guest (англ.) // [англ.] : journal. — 2009. — Vol. 28, no. 8. — P. 405—411. — ISSN 1044-5498. — doi:10.1089/dna.2009.0874. — PMID 19485767.
  74. Rogers A H (editor). Molecular Oral Microbiology (неопр.). — [англ.], 2008. — ISBN 978-1-904455-24-0.
  75. Zarco, M. F. The oral microbiome in health and disease and the potential impact on personalized dental medicine (англ.) // Oral Diseases : journal. — 2012. — Vol. 18, no. 2. — P. 109—120. — ISSN 1354-523X. — doi:10.1111/j.1601-0825.2011.01851.x. — PMID 21902769. Архивировано 6 апреля 2023 года.
  76. Beringer, P M. Unusual respiratory bacterial flora in cystic fibrosis: microbiologic and clinical features (англ.) // Current Opinion in Pulmonary Medicine : journal. — [англ.], 2000. — November (vol. 6, no. 6). — P. 545—550. — doi:10.1097/00063198-200011000-00015. — PMID 11100967. Архивировано 16 октября 2013 года.
  77. Copeland CS. The World Within Us: Health and the Human Microbiome. Архивная копия от 7 декабря 2019 на Wayback Machine Healthcare Journal of New Orleans, Sept-Oct 2017.
  78. Honda, Kenya. The microbiota in adaptive immune homeostasis and disease (англ.) // Nature : journal. — 2016. — 7 July (vol. 535, no. 7610). — P. 75—84. — doi:10.1038/nature18848. — Bibcode: 2016Natur.535...75H. — PMID 27383982.
  79. Burton, J. H. Addition of a Gastrointestinal Microbiome Modulator to Metformin Improves Metformin Tolerance and Fasting Glucose Levels (англ.) // [англ.] : journal. — 2015. — Vol. 9, no. 4. — P. 808—814. — doi:10.1177/1932296815577425. — PMID 25802471.
  80. Garrett, W. S. Cancer and the microbiota (англ.) // Science. — 2015. — 3 April (vol. 348, no. 6230). — P. 80—6. — doi:10.1126/science.aaa4972. — Bibcode: 2015Sci...348...80G. — PMID 25838377.
  81. Gagnière, J. Gut microbiota imbalance and colorectal cancer (англ.) // [англ.] : journal. — 2016. — Vol. 22, no. 2. — P. 501—518. — doi:10.3748/wjg.v22.i2.501. — PMID 26811603.
  82. Sartor, R. Balfour. Intestinal Microbes in Inflammatory Bowel Diseases (неопр.) // The American Journal of Gastroenterology Supplements. — 2012. — July (т. 1, № 1). — С. 15—21. — doi:10.1038/ajgsup.2012.4.
  83. Hold, Georgina L. Role of the gut microbiota in inflammatory bowel disease pathogenesis: What have we learnt in the past 10 years? (англ.) // [англ.] : journal. — 2014. — 7 February (vol. 20, no. 5). — P. 1192—1210. — doi:10.3748/wjg.v20.i5.1192. — PMID 24574795.
  84. Zilberman-Schapira, Gili. The gut microbiome in human immunodeficiency virus infection (англ.) // [англ.] : journal. — 2016. — Vol. 14, no. 1. — P. 83. — doi:10.1186/s12916-016-0625-3. — PMID 27256449.
  85. Vanagay, Pajau et al. US immigration westernizes the human gut microbiome (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2018. — 1 November (vol. 175, no. 4). — P. 962—972. — doi:10.1016/j.cell.2018.10.029. — PMID 30388453. Архивировано 21 июля 2022 года.
  86. Kaplan, Robert C. Gut microbiome composition in the Hispanic Community Health Study/Study of Latinos is shaped by geographic relocation, environmental factors, and obesity (англ.) // [англ.] : journal. — 2019. — 1 November (vol. 20, no. 1). — P. 219. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/s13059-019-1831-z. — PMID 31672155.
  87. uBiome (англ.) // Wikipedia. — 2020-08-25.
  88. Viome Company Profile and Leadership. Viome. Дата обращения: 20 октября 2020. Архивировано 21 октября 2020 года.
  89. Why Biohm Health | Overall Wellness by Optimizing Gut Health (англ.). BIOHM Health. Дата обращения: 20 октября 2020. Архивировано 23 октября 2020 года.
  90. Our Science (англ.). Thryve - Gut Health Program. Дата обращения: 20 октября 2020. Архивировано 21 октября 2020 года.
  91. Blog (словен.). iBIOM. Дата обращения: 20 октября 2020. Архивировано 23 октября 2020 года.
  92. Микробиота. Блог Атласа. Дата обращения: 20 октября 2020. Архивировано 22 октября 2020 года.
  93. Gut microbiota and Covid-19- possible link and implications (англ.) // Virus Research. — 2020-08-01. — Vol. 285. — P. 198018. — ISSN 0168-1702. — doi:10.1016/j.virusres.2020.198018. Архивировано 21 октября 2020 года.
  94. Lung microbiome and coronavirus disease 2019 (COVID-19): Possible link and implications (англ.) // Human Microbiome Journal. — 2020-08-01. — Vol. 17. — P. 100073. — ISSN 2452-2317. — doi:10.1016/j.humic.2020.100073. Архивировано 21 октября 2020 года.

Википедия, чтение, книга, библиотека, поиск, нажмите, истории, книги, статьи, wikipedia, учить, информация, история, скачать, скачать бесплатно, mp3, видео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, картинка, музыка, песня, фильм, игра, игры, мобильный, телефон, Android, iOS, apple, мобильный телефон, Samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Сеть, компьютер, Информация о Микробиом человека, Что такое Микробиом человека? Что означает Микробиом человека?

Mikrobiom cheloveka predstavlyaet soboj sovokupnost vseh mikrobov naselyayushih organizm cheloveka vklyuchaya takie ego uchastki kak kozha molochnye zhelezy polovye organy legkie slizistye obolochki biologicheskie zhidkosti zhelchevyvodyashie puti i zheludochno kishechnyj trakt Mikrobiota kozhi cheloveka s otnositelnym rasprostraneniem bakterij razlichnyh klassov Mikrobiom cheloveka vklyuchaet v sebya bakterii arhei griby protisty i virusy V kontekste genomiki termin mikrobiom cheloveka inogda ispolzuetsya dlya oboznacheniya kollektivnyh genomov rezidentnyh mikroorganizmov Odnako termin metagenom cheloveka imeet to zhe znachenie Pervaya ocenka kolichestva mikroorganizmov naselyayushih cheloveka govorit o tom chto chislo kletok mikrobov v desyat raz bolshe chem chislo kletok cheloveka odnako bolee pozdnie ocenki snizili eto sootnoshenie do 3 1 ili dazhe priblizitelno do togo zhe chisla Chast mikroorganizmov v organizme cheloveka yavlyayutsya kommensalnymi to est oni sosushestvuyut ne prichinyaya vreda lyudyam drugie imeyut mutalisticheskie vzaimovygodnye otnosheniya so svoimi hozyaevami I naoborot nekotorye nepatogennye mikroorganizmy mogut nanesti vred organizmu cheloveka posredstvom proizvodimyh imi metabolitov takih kak trimetilamin kotoryj chelovecheskij organizm prevrashaet v N oksid trimetilamina posredstvom okislyayushego kompleksa Opredelennye mikroorganizmy vypolnyayut ryad ochen vazhnyh zadach kotorye kak izvestno polezny dlya cheloveka hozyaina odnako rol bolshinstva iz nih ne sovsem ponyatna Normalnoj zhe mikrobiotoj inogda schitaetsya ta kotoraya dolzhna prisutstvovat pri normalnyh obstoyatelstvah ne vyzyvaya zabolevaniya Dlya analiza mikrobioty cheloveka byl provedyon proekt Mikrobiom cheloveka reshayushij ryad takih zadach kak sekvenirovanie i analiz genoma mikrobioty cheloveka udelyaya osoboe vnimanie mikrobiote naselyayushuyu kozhu rot nos pishevaritelnyj trakt i vlagalishe On dostig vehi v 2012 godu kogda opublikoval svoi pervonachalnye rezultaty TerminologiyaNesmotrya na to chto takie terminy kak flora ili mikroflora chasto ispolzuyutsya v literature v tehnicheskih terminah eto yavlyaetsya nepravilnym ponyatiem poskolku koren slova flora otnositsya k rasteniyam a termin biota otnositsya k sovokupnosti organizmov v konkretnoj ekosisteme V nastoyashee vremya primenyaetsya bolee podhodyashij termin mikrobiota hotya ego ispolzovanie ne zatmilo ukorenivsheesya ispolzovanie i raspoznavanie flory v otnoshenii bakterij i drugih mikroorganizmov Oba termina ispolzuyutsya v razlichnoj literature Hronologiya evolyucii mln letOtnositelnye chislaPo sostoyaniyu na 2014 god v razlichnyh istochnikah chasto soobshalos chto chislo mikrobnyh kletok v organizme cheloveka primerno v 10 raz bolshe chem chislo kletok cheloveka Eta cifra osnovana na ocenkah togo chto mikrobiom cheloveka naschityvaet poryadka 100 trillionov bakterialnyh kletok i 10 trillionov sobstvennyh kletok vzroslogo cheloveka V 2014 godu opublikovala chasto zadavaemye voprosy v kotoryh podcherkivalos chto chislo mikrobnyh kletok i kolichestvo kletok cheloveka yavlyayutsya priblizitelnymi Takzhe oni otmetili chto nedavnie issledovaniya pozvolili poluchit novuyu ocenku kolichestva kletok cheloveka priblizitelno 37 2 trilliona chto oznachaet chto otnoshenie mikrobnyh k chelovecheskim kletkam pri pervonachalnoj ocenke 100 trillionov bakterialnyh kletok verna blizhe k 3 1 V 2016 godu drugoj nauchnoj gruppoj byla proizvedena novaya ocenka pokazavshaya chto sootnoshenie sostavlyaet primerno 1 1 IssledovaniyaProblema opredeleniya mikrobioma svyazana s identifikaciej chlenov mikrobnogo soobshestva kotoroe vklyuchaet bakterii eukarioty i virusy V osnovnom dlya identifikacii etih soobshestv ispolzuetsya DNK hotya takzhe izvestny sluchai ispolzovaniya RNK belkov i metabolitov Issledovaniya mikrobioma na osnove DNK obychno mozhno otnesti k nedavnim metagenomnym issledovaniyam s ispolzovaniem metoda drobovika shotgun sequencing Dannyj metod predstavlyaet soboj celyj metagenomnyj podhod kotoryj takzhe mozhno ispolzovat dlya izucheniya funkcionalnogo potenciala razlichnyh soobshestv Odna iz problem kotoraya prisutstvuet v issledovaniyah mikrobioma cheloveka sostoit v tom chtoby v issledovanie ne bylo vovlecheno chelovecheskoe DNK Odin iz osnovnyh voprosov pomimo prostogo analiza mikrobioma cheloveka zaklyuchaetsya v tom sushestvuet li obshij skelet libo sushestvuet obshaya gruppa mikroorganizmov kotoraya v dalnejshem imeet vidovoe raznoobrazie u lyudej Esli takoj skelet sushestvuet to mozhno bylo by vyyavit voznikayushie bolezni v zavisimosti ot izmeneniya vidovogo sostava chto yavlyaetsya odnoj iz celej proekta Mikrobiom cheloveka Izvestno chto mikrobiom cheloveka mikrobiom kishechnika silno variruetsya i yavlyaetsya unikalnym dlya vseh lyudej chto takzhe nablyudalos u testiruemyh grupp myshej 13 iyunya 2012 goda direktor NIH Frensis Kollinz sdelal zayavlenie o vazhnosti proekta Mikrobiom cheloveka HMP Zayavlenie soprovozhdalos seriej nauchnyh statej opublikovannyh v zhurnale Nature i Publichnoj nauchnoj biblioteke PLoS v tot zhe den Analiziruya kartu mikrobioma zdorovyh lyudej s ispolzovaniem metodov sekvenirovaniya genoma uchyonye sozdali spravochnuyu bazu dannyh dlya normalnyh variacij mikrobnyh soobshestv Iz 242 zdorovyh dobrovolcev byli sobrano bolee 5000 biologicheskih obrazcov vzyatyh s razlichnyh uchastkov tela V rezultate byl proizvedyon analiz polnoj DNK cheloveka i naselyayushej ego mikrobioty Interpretirovat takie dannye smogli putyom identifikacii genov bakterialnoj ribosomalnoj RNK 16S rRNK Issledovateli vyyavili chto bolee 10000 vidov mikroorganizmov sostavlyayut slozhnuyu ekosistemu u cheloveka opredeliv 81 99 rodov v takoj ekosisteme Blok shema illyustriruyushaya kak chelovecheskij mikrobiom izuchaetsya na urovne DNK Metod drobovika Zachastuyu byvaet nevozmozhnym kultivirovat ogromnoe raznoobrazie bakterij arhej ili virusov v laboratornyh usloviyah Resheniem problemy stanovitsya vnedrenie tehnologij sekvenirovaniya ispolzuemyh v tehnologii metagenomiki Analiz polnoj kartiny funkcionirovaniya i harakterizaciya specifichnyh mikrobnyh shtammov nesut v sebe ogromnyj potencial dlya otkrytij terapii i diagnostiki sostoyanij zdorovya Sbor obrazcov i vydelenie DNK Glavnaya zadacha sostoit v tom chtoby sobrat dostatochnoe dlya analiza kolichestvo mikrobnoj DNK pri eto sohraniv chistotu dannogo obrazca po etoj prichine ispolzuyutsya razlichnye metody obogasheniya V chastnosti metod yavlyaetsya universalnym instrumentom pri rabote s kazhdym bakterialnym shtammom gde vazhno izolirovat ustojchivye uchastki genoma kotorye ne poddayutsya bystromu lizisu Mehanicheskoe razrushenie kak pravilo bolee predpochtitelno chem himicheskoe Podgotovka biblioteki dannyh i sekvenirovanie Naibolee chasto dlya reakcij sekvenirovaniya ispolzuyutsya takie platformy kak Illumina Ion Torrent Oxford Nanopore MinION i Sequel Net nikakih ukazanij otnositelno pravilnogo kolichestva obrazca dlya ego ispolzovaniya Sborka metagenoma Nesmotrya na to chto podhod aktivno ispolzuetsya sushestvuyut nekotorye trudnosti kotorye neobhodimo preodolet Ohvat zavisit ot obiliya kazhdogo genoma v ego konkretnom soobshestve genomy s nizkoj chislennostyu mogut podvergatsya fragmentacii esli glubina sekvenirovaniya nedostatochna ispolzuetsya dlya togo chtoby udalos izbezhat obrazovaniya probelov K schastyu sushestvuyut assemblery uproshayushih poisk korrelyacii dlya metagenoma poskolku esli prisutstvuyut sotni shtammov glubina sekvenirovaniya dolzhna byt uvelichena do maksimuma Kontig binning Apriori ne izvestno ni ot kakogo genoma proishodit kazhdyj kontig ni o kolichestve genomov prisutstvuyushih v obrazce Osnovnoj celyu dannogo shaga yavlyaetsya razdelenie kontigov na razlichnye vidy Osnovopolagayushie metody dlya osushestvleniya dannogo analiza mogut byt kontroliruemye k primeru bazy dannyh s izvestnymi posledovatelnostyami ili nekontroliruemye pryamoj poisk kontig grupp v sobrannyh dannyh Odnako oba metoda trebuyut metriki dlya opredeleniya ocenki shodstva mezhdu konkretnym kontigom i gruppoj v kotoruyu on dolzhen byt pomeshen i algoritma dlya preobrazovaniya shodstva v raspredelenii gruppy Analiz rezultatov posle obrabotki Neobhodimo provesti ryad statisticheskih analizov takih kak ANOVA dlya podtverzhdeniya rezultatov Takie testy mogut ocenit i opredelit stepen razlichiya mezhdu razlichnymi gruppami Esli testy svyazany s graficheskimi instrumentami to mozhno legko proizvesti interpretaciyu rezultatov dlya bolee lyogkogo predstavleniya i ponimaniya Kak tolko poluchennyj metagenom sobran v pravilnoj posledovatelnosti mozhno poluchit funkcionalnyj potencial mikrobioma Sushestvuet ryad problem pri vychislenii takih sistem tak kak sistemy sborki metagenoma imeyut bolee nizkoe kachestvo iz za slozhnosti takih sistem a mnogie geny mogut byt nepolnymi ili fragmentirovannymi Posle shaga identifikacii genov dannye mogut byt ispolzovany dlya provedeniya funkcionalnoj annotacii putem mnozhestvennogo vyravnivaniya genov mishenej s bazami dannyh ortologov Markernyj analiz genov Eto tehnika v kotoryj ispolzuyutsya prajmery dlya navedeniya na konkretnuyu geneticheskuyu oblast s celyu ustanovleniya filogeneticheskogo ryada Geneticheskaya oblast harakterizuetsya silno izmenchivoj oblastyu kotoraya mozhet predostavit detalnuyu identifikaciyu Naryadu s etim sushestvuyut takzhe konservativnye oblasti kotorye funkcioniruyut kak mesta svyazyvaniya prajmerov ispolzuemyh v PCR Osnovnym genom harakterizuyushimbakterii i arhei yavlyaetsya 16S rRNK gen togda kak identifikaciya gribkov osnovana na ITS Etot metod yavlyaetsya bystrym i dostatochnym dlya polucheniya klassifikacii mikrobnogo soobshestva Takzhe metod podhodit dlya zagryaznyonnoj DNK zagryazneniem ot hozyaina Srodstvo prajmera variruetsya sredi vseh posledovatelnostej DNK chto mozhet privesti k smesheniyu vo vremya reakcii amplifikacii Sledovatelno optimizaciya vybora prajmera mozhet pomoch umenshit takie oshibki pri uchyote polnogo znaniya mikroorganizmov prisutstvuyushih v obrazce i ih otnositelnoj chislennosti Markernyj analiz gena mozhet zaviset ot vybora prajmera v etom vide analiz zhelatelno provodit v ramkah horosho proverennogo protokola naprimer tot kotoryj ispolzuetsya v Pervyj shag v dannom analiza eto udalenie oshibok sekvenirovaniya Mnogie platformy sekvenirovaniya ochen nadezhny no bolshaya chast ochevidnogo razneseniya posledovatelnostej po prezhnemu obuslovlena oshibkami v processe sekvenirovaniya Chtoby umenshit chislo etih oshibok mozhno vospolzovatsya obedineniem posledovatelnostej v OTU kotoraya uzhe v dalnejshem ispolzuetsya v sleduyushem shage No eto metod otbrasyvaet ONP poskolku oni obedinyayutsya v odnu OTU Drugoj podhod osnovan na kotoroe vklyuchaet specifichnuyu informaciyu o sekvenirovanii rRNK 16s dlya vyyavleniya nebolshih variacij nukleotidov i o razlichii tesno svyazannyh otlichnyh taksonov Eti metody dayut v kachestve vyhodnyh dannyh tablicu posledovatelnostej DNK i kolichestvo razlichnyh posledovatelnostej na obrazec Drugim vazhnym shagom v analize yavlyaetsya prisvoenie taksonomicheskogo nazvaniya mikrobnym posledovatelnostyam Eto osushestvlyaetsya ispolzovaniem podhodov osnovannyh na mashinnom obuchenii dostigayushie tochnost na urovne roda okolo 80 Drugie populyarnye analiticheskie pakety obespechivayut podderzhku taksonomicheskoj klassifikacii s ispolzovaniem tochnyh sovpadenij so spravochnymi bazami dannyh i dolzhny obespechivat bolshuyu specifichnost no obladayut bolee hudshej chuvstvitelnostyu Filogeneticheskij analiz Mnogie metody osnovannye na filogeneticheskom predpolozhenii ispolzuyut 16Sr RNK geny dlya arhej i bakterij i 18SRNA geny dlya eukarioticheskih kletok Filogeneticheskie sravnitelnye metody osnovany na sravnenii mnozhestva priznakov u mikroorganizmov princip takov chem blizhe oni svyazany tem bolshe u nih obshih chert Obychno eti metody ispolzuyut s filogeneticheskim obobshennym metodom naimenshih kvadratov ili drugimi statisticheskimi analizami dlya polucheniya bolee znachimyh rezultatov Obychno eto osushestvlyaetsya na osnove prilozheniya ispolzuyushej sushestvuyushie bazy dannyh Filogeneticheskoe osvedomlennoe rasstoyanie obychno vypolnyaetsya s pomoshyu ili podobnyh instrumentov takih kak indeks Sorezena ili indeks Rao dlya kolichestvennoj ocenki razlichij mezhdu razlichnymi soobshestvami Na vse eti metody negativno vliyaet gorizontalnyj perenos genov HGT poskolku eto mozhet privesti k oshibkam i privesti k korrelyacii otdalennyh vidov Sushestvuyut razlichnye sposoby snizheniya negativnogo vozdejstviya HGT ispolzovanie neskolkih genov ili vychislitelnyh instrumentov dlya ocenki veroyatnosti predpolagaemyh sobytij HGT Tipy mikrobovBakterii Bakterii i gribki naselyayut kozhu i slizistye obolochki v razlichnyh chastyah tela Ih rol yavlyaetsya chastyu postroeniya normalnoj zdorovoj fiziologii cheloveka odnako esli chislennost mikrobov vyhodit za predely ih tipichnogo diapazona chasto iz za narusheniya immunnoj sistemy ili esli mikroby zaselyayut naprimer iz za plohoj gigieny ili travmy uchastki tela kak pravilo ne kolonizirovannye ili sterilnye naprimer krov ili nizhnie dyhatelnye puti ili bryushnaya polost eto mozhet privesti k seryoznym zabolevaniyam vyzyvayushemu sootvetstvenno bakteriemiyu sepsis pnevmoniyu i peritonit Rezultaty raboty nad proektom Mikrobiom cheloveka pokazali chto u lyudej soderzhatsya tysyachi vidov bakterij so svoimi osobennostyami na razlichnyh uchastkah tela Takie uchastki kak kozha i vlagalishe obladayut menshim vidovym raznoobraziem chem rot i kishechnik gde raznoobrazie krajne veliko Takzhe bakterii odnogo i togo zhe vida obnaruzhennye v rotovoj polosti imeyut neskolko podtipov obitayushih v raznyh mestah polosti rta Soglasno provedyonnoj ocenke ot 500 do 1 000 vidov bakterij prozhivayushih v kishechnike cheloveka prinadlezhat neskolkim gruppam v osnovnom preobladayut Firmicutes i Bacteroidetes no vstrechayutsya i Proteobacteria Actinobacteria Fusobacteria i Cyanobacteria Ryad takih bakterij kak Actinomyces viscosus i A naeslundii obitayut v polosti rta i yavlyayutsya chastyu lipkogo veshestva nazyvaemogo zubnym nalyotom Esli oni ne udaleny vo vremya chistki vsya massa zatverdevaet i obrazuet zubnoj kamen Nekotorye bakterii vydelyayut ryad kislot rastvoryayushih zubnuyu emal vyzyvaya karies Mikroflora vlagalisha sostoit v osnovnom iz razlichnyh vidov laktobacill Dolgoe vremya schitalos chto naibolee rasprostranennym iz etih vidov byl Lactobacillus acidophilus no pozzhe bylo pokazano chto na samom dele naibolee rasprostranennym yavlyaetsya za kotorym sleduet Drugimi laktobacillami obnaruzhennymi vo vlagalishe yavlyayutsya L delbruekii i Narushenie mikroflory vlagalisha mozhet privesti k infekciyam takim kak bakterialnyj vaginoz ili kandidoz Arhei Arhei prisutstvuyut v kishechnike cheloveka no v gorazdo bolee menshih kolichestvah chem bakterii Preobladayushej gruppoj yavlyayutsya metanogeny v chastnosti and Odnako tolko okolo 50 lyudej imeyut legko detektiruemye raznovidnosti dannyh arhej Po sostoyaniyu na 2007 god ne bylo obnaruzheno yavnyh primerov patogenov nesmotrya na to chto byla predlozhena vzaimosvyaz mezhdu prisutstviem nekotoryh metanogenov i parodontitom Griby Griby v chastnosti drozhzhi prisutstvuyut v kishechnike cheloveka Naibolee izuchennymi yavlyayutsya shtammy Kandidy iz za ih sposobnosti stanovitsya patogennymi pri immunodeficite ili dazhe vyzyvaya narusheniya u zdorovogo hozyaina Chast gribov koloniziruet kozhu takie kak shtammy gde oni potreblyayut masla vyrabotannyh iz salnyh zhelez Virusy Virusy v osobennosti bakterialnye virusy bakteriofagi naselyayut razlichnye uchastki tela vklyuchaya kozhu kishechnik lyogkie rotovuyu polost Byla ustanovlena vzaimosvyaz virusov s nekotorymi zabolevaniyami Virusy otrazhayut slozhnost vzaimootnoshenij s bakterialnymi soobshestvami Anatomicheskie zonyKozha Issledovanie 20 uchastkov kozhi na kazhdom iz desyati zdorovyh lyudej vyyavilo 205 identificirovannyh rodov v 19 bakterialnyh tipah pri etom bolshinstvo bakterij prinadlezhit chetyrem tipam Actinobacteria 51 8 Firmicutes 24 4 Proteobacteria 16 5 and Bacteroidetes 6 3 Na zdorovoj kozhe cheloveka prisutstvuet bolshoe kolichestvo gribkovyh rodov s nekotorymi izmeneniyami po oblastyam tela odnako pri patologicheskih sostoyaniyah opredelennye rody imeyut tendenciyu dominirovat v porazhennoj oblasti k primeru pri atopicheskom dermatite preobladayut Malassezia Kozha sluzhit barerom dlya predotvrasheniya proniknoveniya patogennyh mikrobov yavlyayas ih postoyannymi ili vremennym mestom obitaniya Tipy rezidentnyh mikroorganizmov razlichayutsya v zavisimosti ot tipa kozhi na tele cheloveka Bolshinstvo mikrobov nahodyatsya na poverhnostnyh kletkah kozhi ili predpochitayut svyazyvatsya s zhelezami salnymi ili potovymi tak kak oni snabzhayut mikrobov vodoj aminokislotami zhirnymi kislotami i drugimi pitatelnymi veshestvami Slizistaya obolochka glaz Nebolshoe kolichestvo gribov i bakterij obychno prisutstvuyut v konyuktive vklyuchaya Grampolozhitelnye kokki Staphylococcus i Streptococcus Gramotricatlnye palochki i kokki and Neisseria i gribki Candida Aspergillus and Penicillium Slezy soderzhat baktericidy takie kak lizocim tak chto mikroorganizmam trudno vyzhit i kolonizirovat epitelialnye poverhnosti Zheludochno kishechnyj trakt Mikrobiom cheloveka poyavlyaetsya s rozhdeniem i zavisit ot togo kakim putyom rebyonok byl rozhdyon K primeru rozhdenie detej Kesarevym secheniem privnosit bolee patogennuyu mikrofloru takuyu kak Escherichia coli i Staphylococcus i gorazdo uvelichivaet vremya razvitiya nepatogennoj poleznoj mikrobioty U detej rozhdennyh vaginalno nablyudaetsya normalnaya nepatogennaya poleznaya mikrobiota shozhaya po sostavu s materinskoj Diagramma pokazyvaet metabolizm triptofana k indolu i proizvodnym indola v tolstoj kishke Clostridium sporogenes metaboliziruet indol v 3 indolpropionovuyu kislotu IPA vysokoeffektivnyj nejroprotektornyj antioksidant V kishechnike IPA svyazyvaetsya s receptorami pregnana X PXR tem samym sposobstvuya gomeostazu slizistoj obolochki i barernoj funkcii Posle vsasyvaniya i raspredeleniya v mozg IPA okazyvaet nejroprotektornoe dejstvie protiv cerebralnoj ishemii i bolezni Alcgejmera Vidy Lactobacillus metaboliziruyut indol v indol 3 aldegid I3A kotoryj dejstvuet na arilnyj uglevodorodnyj receptor AhR v kishechnyh immunnyh kletkah v svoyu ochered uvelichivaya vyrabotku interlejkina 22 IL 22 Aktivaciya AhR zametno vliyaet na immunitet kishechnika podderzhivaya funkciyu epitelialnogo barera povyshaya immunnuyu tolerantnost k kommensalnoj mikrobiote i zashishaet ot patogennyh infekcij Sam indol dejstvuet kak sekretiruyushij glyukagon podobnyj peptid 1 GLP 1 v kletkah kishechnika L i kak ligand dlya AhR Indol takzhe mozhet metabolizirovatsya pechenyu v indoksilsulfat soedinenie kotoroe v vysokih koncentraciyah vredno dlya zdorovya cheloveka Nakoplenie indoksilsulfata v plazme krovi toksichno i svyazano s sosudistymi zabolevaniyami i pochechnoj disfunkciej AST 120 aktivirovannyj ugol kishechnyj sorbent kotoryj prinimaetsya vnutr adsorbiruet indol v svoyu ochered umenshaya koncentraciyu indoksilsulfata v plazme krovi Otnosheniya mezhdu kishechnoj mikrobiotoj i organizmom cheloveka ne tolko kommensalnye bezvrednoe sosushestvovanie a skoree a mutualisticheskoe vzaimovygodnoe Nekotorye mikroorganizmy v kishechnike pomogayut hozyainu usvaivat razlichnye pishevye volokna v korotkocepochechnye zhirnye kisloty takie kak uksusnaya kislota ili maslyanaya kislota kotorye v dalnejshem pogloshayutsya organizmom cheloveka Bakterii kishechnika igrayut vazhnuyu rol v sinteze Vitamina B i Vitamina K takzhe metaboliziruya zhyolchnye kisloty steriny i ksenobiotiki V rezultate metabolicheskih ciklov bakterii proizvodyat veshestva podobnye gormonam i po vsej vidimosti mikrobiota funkcioniruet kak endokrinnaya zheleza Narushenie regulyacii kishechnoj mikrobioty korrelirovalo s mnozhestvom vospalitelnyh i autoimmunnyh sostoyanij Sostav kishechnoj flory cheloveka izmenyaetsya so vremenem kogda menyaetsya dieta a takzhe po mere izmeneniya obshego sostoyaniya zdorovya Sistematicheskij obzor 15 randomizirovannyh kontroliruemyh issledovanij na lyudyah s iyulya 2016 goda pokazal chto nekotorye kommercheski dostupnye shtammy probioticheskih bakterij iz rodov Bifidobacterium i Lactobacillus B longum B infantis i pri prieme vnutr v sutochnyh dozah 10 9 10 10 kolonieobrazuyushie edinicy KOE dlya 1 2 mesyacev obladayut lechebnymi dejstviyami to est uluchshayut povedencheskie rezultaty pri nekotoryh vklyuchaya trevogu depressiyu rasstrojstva autisticheskogo spektra i obsessivno kompulsivnoe rasstrojstvo i uluchshaet opredelennye aspekty pamyati Odnako izmeneniya mikrobioma takzhe mogut vyzvat pagubnye sostoyaniya dlya zdorovya V rabote Musso et al Bylo obnaruzheno chto kishechnaya mikrobiota u osobej s ozhireniem imeet bolshe bakterij tipa Firmicutes i menshe Bacteroidetes chem u zdorovyh lyudej Drugoe issledovanie provedyonnoe Gordon et al podtverdilo chto imenno sostav mikrobioty vyzyvaet ozhirenie a ne naoborot Eto bylo sdelano putem transplantacii kishechnoj mikrobioty ot myshej s ozhireniem ili myshej so specialnoj dietoj k mysham kontrolnoj gruppy mysham lishennym mikrobioma Oni obnaruzhili chto u myshej kotorym transplantirovali mikrobiotu kishechnika ot myshej bolnyh ozhireniem uroven zhira okazalsya gorazdo vyshe pri odinakovom pitanii nezheli chem u myshej kotorym peresadili mikrobiom ot zhivotnyh s dietoj Uretra i mochevoj puzyr Pohozhe chto v mochepolovoj sisteme imeetsya mikrobiota chto yavlyaetsya neozhidannym faktom po prichine otsutstviya rezultatov pri analize klassicheskimi laboratornymi mikrobiologicheskimi metodami kultivirovaniya dlya obnaruzheniya Klassicheskie metody kultivirovaniya ne obnaruzhivayut mnogie vidy bakterij i drugih mikroorganizmov Odnako na osnove metodov sekvenirovaniya byla proizvedena identifikaciya mikroorganizmov s celyu opredeleniya est li razlichiya v mikrobiote mezhdu zdorovymi lyudmi i lyudmi s problemami mochevyvodyashih putej Vlagalishe Mikroorganizmy zaselyayut vlagalishe devochki v pervyj den eyo zhizni 90 etih mikroorganizmov laktobacilly pitayushiesya glikogenom iz otmershih kletok slizistoj vlagalisha i vydelyayushie molochnuyu kislotu kotoraya snizhaet pH slizistoj do 4 4 5 chto prepyatstvuet razmnozheniyu boleznetvornyh i uslovno patogennyh mikroorganizmov Mikrobiota vlagalisha vklyuchaet v sebya mikroorganizmy kotorye igrayut vazhnuyu rol v zashite ot infekcij i podderzhanii zdorovya vlagalisha Naibolee rasprostranennye mikroorganizmy obnaruzhennye u zhenshin v premenopauze otnosyatsya k rodu Lactobacillus podavlyayushie rost patogennyh organizmov proizvodstvom molochnoj kisloty Kompoziciya mikrobioty silno zavisit ot stadii menstrualnogo cikla Byla ustanovlena vzaimosvyaz mezhdu polovymi aktami priyomami antibiotikov i poterej laktobacill v organizme zhenshin V 2012 godu v odnom issledovanii otmecheno chto polovoj akt s prezervativom po vidimomu izmenyaet uroven laktobacill i uvelichivaet uroven kishechnoj palochki vo vlagalishe Vse izmeneniya proishodyashie v zdorovoj vaginalnoj mikrobiote mogut ukazyvat na razvitie razlichnyh infekcij vklyuchaya kandidoz ili bakterialnyj vaginoz Placenta Do nedavnego vremeni placenta schitalas sterilnoj odnako bylo vyyavleno neskolko nepatogennyh bakterij nahodyashihsya v placentarnoj tkani Matka Do nedavnego vremeni verhnij reproduktivnyj trakt zhenshiny schitalsya sterilnoj sredoj Raznoobraznye mikroorganizmy naselyayut matku zdorovyh bessimptomnyh zhenshin reproduktivnogo vozrasta Mikrobiom matki znachitelno otlichaetsya ot mikrobioma vlagalisha i zheludochno kishechnogo trakta Rotovaya polost V polosti rta sozdayutsya neobhodimye usloviya dlya rosta mikroorganizmov vklyuchaya vodu pitatelnye veshestva i podhodyashuyu temperaturu Anaerobnye bakterii v polosti rta vklyuchayut v sebya Actinomyces Bacteroides Bifidobacterium Eubacterium Lactobacillus Peptostreptococcus Veillella Rody gribov vklyuchayut sredi prochih Candida Cladosporium Aspergillus Fusarium Alternaria Penicillium i Cryptococcus Bakterii nakaplivayutsya kak v tverdyh tak i v myagkih tkanyah polosti rta v bioplenke pozvolyaya im prilipat V rezultate oni poluchayut zashitu ot faktorov okruzhayushej sredy i protivomikrobnyh agentov Slyuna igraet klyuchevuyu rol v podderzhanii uslovij dlya rosta bioplyonki i rekolonizaciyu bakterij postavlyaya pitatelnye veshestva i reguliruya temperaturu Takzhe kontroliruet rost mikroorganizmov posredstvom vymyvaniya chasti bioplyonki Bakterii v polosti rta razvili mehanizmy chtoby chuvstvovat ih okruzhayushuyu sredu i izbegat vnesenie izmenenij v organizm hozyaina Tem ne menee vysokoeffektivnaya vrozhdennaya sistema zashity cheloveka postoyanno kontroliruet bakterialnuyu kolonizaciyu i predotvrashaet bakterialnuyu invaziyu v lokalnye tkani Sushestvuet dinamicheskoe ravnovesie mezhdu bakteriyami zubnogo naleta i vrozhdennoj zashitnoj sistemoj organizma Zdorovoe ravnovesie predstavlyaet soboj nekij simbioz kogda mikroby iz polosti rta ogranichivayut rost i prisoedinenie boleznetvornyh mikroorganizmov a organizm cheloveka obespechivaet usloviya dlya ih rosta i razvitiya Izmenenie zhizni cheloveka vklyuchaya ego immunnuyu sistemu pitanie preobrazovanie vidovogo sostava narushaet dannoe ravnovesie iz vzaimovygodnogo v paraziticheskoe Bylo pokazano chto saharnyj diabet i serdechno sosudistye zabolevaniya svyazany so zdorovem polosti rta Postoyannaya gigiena polosti rta yavlyaetsya osnovnym metodom dlya predotvrasheniya razvitiya razlichnyh zabolevanij Ochistka polosti rta umenshaet razrastanie potencialnyh patogennyh bakterij Odnako pravilnoj gigieny polosti rta mozhet byt nedostatochno tak kak eto slozhnaya sistema v kotoroj nuzhno uchityvat immunnyj otvet genetiku i vidovoj sostav Antibiotiki mogut byt ispolzovany pri borbe s infekciyami odnako mogut byt neeffektivny protiv bioplyonok Lyogkie Kak i v sluchae polosti rta verhnyaya i nizhnyaya dyhatelnaya sistema obladayut mehanicheskimi sredstvami dlya udaleniya mikrobov Bokalovidnye kletki proizvodyat vydeleniya kotorye zahvatyvayut mikrobov i vyvodyat ih iz dyhatelnoj sistemy cherez nepreryvno dvizhushiesya resnichnye epitelialnye kletki Naryadu s etim baktericidnyj effekt dostigaetsya soderzhaniem lizocima v slizi Legochnaya mikrobiota prinadlezhit 9 rodam Prevotella Sphingomonas Pseudomonas Acinetobacter Fusobacterium Megasphaera Veillonella Staphylococcus i Streptococcus Schitaetsya chto nekotorye iz etih normalnyh bakterij mogut vyzvat ochen seryoznye zabolevaniya osobenno u lyudej s oslablennym immunitetom Bakterii vklyuchayut v sebya Streptococcus pyogenes Haemophilus influenzae Streptococcus pneumoniae Neisseria meningitidis i taphylococcus aureus Gribkovye rody kotorye sostavlyayut legochnyj mikobiom vklyuchayut Candida Malassezia Neosartorya Saccharomyces Aspergillus i drugie Neobychnoe raspredelenie bakterialnyh i gribkovyh rodov v dyhatelnyh putyah nablyudaetsya u lyudej s mukoviscidozom Ih bakterialnaya sreda chasto soderzhit ustojchivye k antibiotikam i medlenno rastushie bakterii i chastota etih patogenov izmenyaetsya v zavisimosti ot vozrasta Zhyolchnyj trakt Tradicionno schitaetsya chto zhyolchnye puti obychno sterilny a nalichie mikroorganizmov v zhelchi yavlyaetsya markerom patologicheskogo processa Eto predpolozhenie bylo podtverzhdeno neudachej v vydelenii bakterialnyh shtammov iz normalnogo zhelchnogo protoka V 2013 godu bylo pokazano chto normalnaya mikrobiota zhelchevyvodyashih putej predstavlyaet soboj otdelnyj funkcionalnyj sloj kotoryj zashishaet zhelchnyj trakt ot kolonizacii ekzogennymi mikroorganizmami Bolezn i smert Metagenomnye i epidemiologicheskie issledovaniya pokazyvayut vazhnuyu rol dlya chelovecheskogo mikrobioma v predotvrashenii shirokogo spektra zabolevanij ot saharnogo diabeta 2 tipa ozhireniya vospalitelnyh zabolevanij kishechnika do bolezni Parkinsona i dazhe psihiatricheskih zabolevanij takih kak depressiya Simbioticheskie otnosheniya mezhdu mikrobiotoj kishechnika i razlichnymi bakteriyami mogut vliyat na immunnyj otvet cheloveka Nekotorye issledovaniya pokazyvayut chto lechenie s pomoshyu korrekcii mikrobioma mozhet byt effektivnym dlya lecheniya diabeta Rak Nesmotrya na to chto rak yavlyaetsya smesyu geneticheskih zabolevanij i faktorov okruzhayushej sredy mikroby vovlecheny v 20 sluchaev ego razvitiya Nekotorye faktory raka tolstoj kishki pokazyvayut chto v tolstoj kishke chislo bakterij v million raz vyshe chem v tonkoj kishke i primerno v 12 raz bolshe sluchaev raka v tolstoj kishke po sravneniyu s tonkoj kishkoj chto vozmozhno ustanavlivaet patogennuyu rol mikrobioty v rake pryamoj kishki Mikrobnyj analiz mozhet byt ispolzovan v kachestve prognosticheskogo instrumenta pri ocenke kolorektalnogo raka Mikrobiota mozhet vliyat na kancerogenez tremya osnovnymi putyami i izmeneniem balansa proliferacii i gibeli opuholevyh kletok ii regulirovaniem funkcii immunnoj sistemy i iii vliyaniem na metabolizm izmenyaya usvoyaemost prinimaemyh pishevyh produktov i farmacevticheskih preparatov Opuholi razvivayushiesya na razlichnyh uchastkah obychno vklyuchayut mikrobiotu Mikroby v dannyh mestah luchshe prisposablivayutsya na osnove ponizhennogo soderzhaniya kisloroda ili istochnika dopolnitelnogo pitaniya Umenshenie populyacii specifichnyh mikrobov ili vyzvannyj okislitelnyj stress mogut uvelichit risk razvitiya raka Iz 1030 vseh izvestnyh mikrobov 10 iz nih vydeleny Mezhdunarodnym agentstvom po izucheniyu raka kak kancerogennye Bakterii mogut vydelyat belki ili drugie faktory kotorye neposredstvenno upravlyayut proliferaciej kletok cheloveka chto mozhet usilivat ili oslablyat immunnuyu sistemu hozyaina v tom chisle vyzyvat ostroe ili hronicheskoe vospalenie Narushenie ravnovesiya mezhdu hozyainom i mikrobiotoj snizhaet ustojchivost k zlokachestvennym novoobrazovaniyam vozmozhno vyzyvaya vospalenie i rak Posle preodoleniya zashitnyh barerov mikroby vyzyvayut provospalitelnye ili immunosupressivnye programmy razlichnymi putyami Naprimer svyazannye s rakom mikroby po vidimomu aktiviruyut peredachu signalov NF kB v mikrookruzhenii opuholi Drugie receptory takie kak Nod podobnye receptory mogut igrat rol v oposredovanii kolorektalnogo raka Analogichno Helicobacter pylori apo vidimomu uvelichivaet risk raka zheludka iz za ego hronicheskoj vospalitelnoj reakcii v zheludke Vospalitelnoe zabolevanie kishechnika Vospalitelnoe zabolevanie kishechnika vklyuchayut v sebya yazvennyj kolit i bolezn Krona Eti zabolevaniya soprovozhdayutsya narusheniem sostava v mikrobiote kishechnika takzhe izvestnym kak disbioz i proyavlyaetsya v forme umensheniya mikrobnogo raznoobraziya v kishechnike Bylo ustanovleno chto disbioz korreliruet s defektami genov hozyaina kotorye izmenyayut vrozhdennyj immunnyj otvet u lyudej Virus immunodeficita cheloveka Razvitie zabolevaniya VICh vliyaet na izmenenie kishechnoj mikrobioty Virus narushaet celostnost epitelialnogo barera vozdejstvuya na plotnye kontakty Eti rasstrojstva privodyat k razvitiyu vospalenij u lyudej s VICh Vaginalnaya mikrobiota igraet rol v peredache VICh Sozdayotsya uvelichennyj risk polucheniya zabolevaniya esli u zhenshiny obnaruzhen bakterialnyj vaginoz Odnako snizhenie infekcionnosti nablyudaetsya pri uvelichenii urovnya Lactobacillus vlagalisha chto sposobstvuet razvitiyu protivovospalitelnogo sostoyaniya Migraciya Predvaritelnye issledovaniya pokazyvayut chto nemedlennye izmeneniya mikrobioma cheloveka mogut proizojti pri ego pereezde v druguyu stranu Ustanovleno chto umenshenie vidovogo raznoobraziya bylo znachitelno vyshe u lyudej s ozhireniem i detej emigrantov Analiz mikrobiomaV nastoyashee vremya po vsemu miru realizuyutsya kommercheskie resheniya dlya analiza mikrobioma cheloveka Biotehnologicheskie kompanii predostavlyaet uslugi po testirovaniyu i analizu mikrobioty osobenno kishechnoj flory i dayut sovety po pitaniyu Tak nachinaya s 2012 goda poyavilsya pervyj kommercheskij produkt ot kompanii uBiome v nastoyashee vremya ne sushestvuet i dalnejshee razvitie napravleniya takimi kompaniyami kak Viome BIOHM Thryve iBIOM vklyuchaya otechestvennye Atlas i drugie Izmeneniya mikrobioma u pacientov s COVID 19Nedavnie raboty pokazyvayut vozmozhnuyu zavisimost izmeneniya mikrobioty zdorovogo cheloveka posle zarazheniya virusom SARS CoV 2 U pacientov s COVID 19 nablyudalis znachitelnye izmeneniya v mikrobiote po sravneniyu s kontrolnoj gruppoj harakterizuyushiesya obogasheniem uslovno patogennyh mikroorganizmov i istosheniem poleznyh bakterij vo vremya bolezni Bazovaya chislennost bakterij Coprobacillus Clostridium ramosum i Clostridium hathewayi korrelirovala s tyazhestyu COVID 19 v to vremya kak nablyudalas obratnaya korrelyaciya mezhdu chislennostyu Faecalibacterium prausnitzii protivovospalitelnye bakterii i tyazhestyu zabolevaniya PrimechaniyaThe vocabulary of microbiome research a proposal neopr Microbiome 2015 T 3 S 31 doi 10 1186 s40168 015 0094 5 PMID 26229597 Nas mnogo Mikrobiota sovremennogo cheloveka Biblioteka Elementy Arhivirovano 19 iyulya 2025 Data obrasheniya 19 iyulya 2025 Stoma I O Mikrobiom v medicine rukovodstvo dlya vrachej Moskva GEOTAR Media 2020 320 s ISBN 978 5 9704 5844 0 Arhivirovano 27 fevralya 2022 goda Sherwood Linda Willey Joanne Woolverton Christopher Prescott s Microbiology neopr 9th New York McGraw Hill Education 2013 S 713 721 ISBN 9780073402406 American Academy of Microbiology FAQ Human Microbiome 1 Arhivirovano 2 January 2014 Judah L Rosner for Microbe Magazine February 2014 Ten Times More Microbial Cells than Body Cells in Humans Arhivnaya kopiya ot 17 sentyabrya 2020 na Wayback Machine Alison Abbott for Nature News 8 January 2016 Scientists bust myth that our bodies have more bacteria than human cells Arhivnaya kopiya ot 17 yanvarya 2021 na Wayback Machine Sender R Are We Really Vastly Outnumbered Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans angl Cell journal Cell Press 2016 January vol 164 no 3 P 337 340 doi 10 1016 j cell 2016 01 013 PMID 26824647 Quigley E M Gut bacteria in health and disease neopr Gastroenterol Hepatol N Y 2013 T 9 9 S 560 569 PMID 24729765 Microbiology Meets Big Data The Case of Gut Microbiota Derived Trimethylamine angl Annu Rev Microbiol journal 2015 Vol 69 P 305 321 doi 10 1146 annurev micro 091014 104422 PMID 26274026 Archaea and the human gut new beginning of an old story angl angl journal 2014 November vol 20 no 43 P 16062 16078 doi 10 3748 wjg v20 i43 16062 PMID 25473158 NIH Human Microbiome Project defines normal bacterial makeup of the body neopr NIH News 13 iyunya 2012 Data obrasheniya 3 fevralya 2020 Arhivirovano 17 iyunya 2012 goda NIH Human Microbiome Working Group The NIH Human Microbiome Project angl Genome Res journal 2009 Vol 19 no 12 P 2317 2323 doi 10 1101 gr 096651 109 PMID 19819907 Kuczynski J et al Experimental and analytical tools for studying the human microbiome angl Nature Reviews Genetics journal 2011 Vol 13 no 1 P 47 58 doi 10 1038 nrg3129 PMID 22179717 Vestheim H Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs angl angl journal 2008 Vol 5 P 12 doi 10 1186 1742 9994 5 12 PMID 18638418 Tap Julien Mondot et al Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core angl Environmental Microbiology journal 2009 Vol 11 no 102 P 2574 2584 doi 10 1111 j 1462 2920 2009 01982 x PMID 19601958 Hamady M Knight R Microbial community profiling for human microbiome projects Tools techniques and challenges angl Genome Research journal 2009 Vol 19 no 7 P 1141 1152 doi 10 1101 gr 085464 108 PMID 19383763 PMC 3776646 Human Microbiome Project Consortium A framework for human microbiome research angl Nature 2012 Vol 486 no 7402 P 215 221 doi 10 1038 nature11209 Bibcode 2012Natur 486 215T PMID 22699610 The Human Microbiome Project Consortium Structure function and diversity of the healthy human microbiome angl Nature journal 2012 Vol 486 no 7402 P 207 214 doi 10 1038 nature11234 Bibcode 2012Natur 486 207T PMID 22699609 Quince Christopher Shotgun metagenomics from sampling to analysis angl Nature Biotechnology journal Nature Publishing Group 2017 12 September vol 35 no 9 P 833 844 ISSN 1087 0156 doi 10 1038 nbt 3935 PMID 28898207 Claesson Marcus J A clinician s guide to microbiome analysis angl Nature Reviews Gastroenterology amp Hepatology journal 2017 9 August vol 14 no 10 P 585 595 ISSN 1759 5045 doi 10 1038 nrgastro 2017 97 PMID 28790452 Knight Rob Best practices for analysing microbiomes angl Nature Reviews Microbiology journal 2018 23 May vol 16 no 7 P 410 422 ISSN 1740 1526 doi 10 1038 s41579 018 0029 9 PMID 29795328 Washburne Alex D Methods for phylogenetic analysis of microbiome data angl angl journal 2018 24 May vol 3 no 6 P 652 661 ISSN 2058 5276 doi 10 1038 s41564 018 0156 0 PMID 29795540 E S Van Amersfoort T J C Van Berkel J Kuiper Receptors Mediators and Mechanisms Involved in Bacterial Sepsis and Septic Shock angl Clinical Microbiology Reviews 2003 07 01 Vol 16 iss 3 P 379 414 ISSN 0893 8512 doi 10 1128 CMR 16 3 379 414 2003 PLoS Human Microbiome Project Collection Manuscript Summaries Arhivnaya kopiya ot 4 marta 2014 na Wayback Machine 13 June 2012 Consortium of Scientists Map the Human Body s Bacterial Ecosystem neopr ucsf edu Data obrasheniya 3 fevralya 2020 Arhivirovano 30 iyulya 2019 goda Sommer F The gut microbiota masters of host development and physiology angl Nat Rev Microbiol journal 2013 April vol 11 no 4 P 227 238 doi 10 1038 nrmicro2974 PMID 23435359 Diversity of the human intestinal microbial flora angl Science 2005 Vol 308 no 5728 P 1635 1638 doi 10 1126 science 1110591 Bibcode 2005Sci 308 1635E PMID 15831718 Cultivable bacterial diversity from the human colon angl Lett Appl Microbiol journal 2007 Vol 44 no 4 P 343 350 doi 10 1111 j 1472 765X 2007 02129 x PMID 17397470 Shared and unique environmental factors determine the ecology of methanogens in humans and rats angl angl journal 2000 Vol 95 no 10 P 2872 2879 doi 10 1111 j 1572 0241 2000 02319 x PMID 11051362 Archaea and their potential role in human disease angl angl journal 2003 Vol 71 no 2 P 591 596 doi 10 1128 IAI 71 2 591 596 2003 PMID 12540534 Pathogenic archaea do they exist angl angl journal 2003 Vol 25 no 11 P 1119 1128 doi 10 1002 bies 10354 PMID 14579252 Methanogenic Archaea and human periodontal disease angl Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America journal 2004 Vol 101 no 16 P 6176 6181 doi 10 1073 pnas 0308766101 Bibcode 2004PNAS 101 6176L PMID 15067114 The human mycobiome in health and disease angl angl journal 2013 July vol 5 no 7 P 63 doi 10 1186 gm467 PMID 23899327 Candidiasis predisposing factors prevention diagnosis and alternative treatment angl angl journal 2014 June vol 177 no 5 6 P 223 240 doi 10 1007 s11046 014 9749 1 PMID 24789109 Arhivirovano 17 avgusta 2017 goda Review article fungal microbiota and digestive diseases angl angl journal 2014 April vol 39 no 8 P 751 766 doi 10 1111 apt 12665 PMID 24612332 Small intestinal fungal overgrowth neopr Curr Gastroenterol Rep 2015 April t 17 4 S 16 doi 10 1007 s11894 015 0436 2 PMID 25786900 Human infections due to Malassezia spp angl angl journal angl 1992 1 April vol 5 no 2 P 101 119 doi 10 1128 CMR 5 2 101 PMID 1576583 Microbial ecology of the skin angl Annu Rev Microbiol 1988 Vol 42 no 1 P 441 464 doi 10 1146 annurev mi 42 100188 002301 PMID 3144238 Hannigan Geoffrey D The Human Skin Double Stranded DNA Virome Topographical and Temporal Diversity Genetic Enrichment and Dynamic Associations with the Host Microbiome angl angl journal 2015 30 October vol 6 no 5 P e01578 15 doi 10 1128 mBio 01578 15 PMID 26489866 Minot Samuel The human gut virome inter individual variation and dynamic response to diet angl Genome Research journal 2011 1 October vol 21 no 10 P 1616 1625 doi 10 1101 gr 122705 111 PMID 21880779 Young J C Viral metagenomics reveal blooms of anelloviruses in the respiratory tract of lung transplant recipients angl angl journal 2015 1 January vol 15 no 1 P 200 209 doi 10 1111 ajt 13031 PMID 25403800 Abeles Shira R Human oral viruses are personal persistent and gender consistent angl angl journal 2014 1 September vol 8 no 9 P 1753 1767 doi 10 1038 ismej 2014 31 PMID 24646696 Ly Melissa Altered Oral Viral Ecology in Association with Periodontal Disease angl angl journal 2014 1 July vol 5 no 3 P e01133 14 doi 10 1128 mBio 01133 14 PMID 24846382 Monaco Cynthia L Altered Virome and Bacterial Microbiome in Human Immunodeficiency Virus Associated Acquired Immunodeficiency Syndrome angl angl journal 2016 9 March vol 19 no 3 P 311 322 doi 10 1016 j chom 2016 02 011 PMID 26962942 Norman Jason M Disease specific alterations in the enteric virome in inflammatory bowel disease angl Cell journal Cell Press 2015 29 January vol 160 no 3 P 447 460 doi 10 1016 j cell 2015 01 002 PMID 25619688 Grice Elizabeth A Topographical and Temporal Diversity of the Human Skin Microbiome angl Science journal 2006 Vol 324 no 5931 P 1190 1192 doi 10 1126 science 1171700 Bibcode 2009Sci 324 1190G PMID 19478181 The Normal Bacterial Flora of Humans neopr textbookofbacteriology net Data obrasheniya 3 fevralya 2020 Arhivirovano 18 dekabrya 2017 goda Yang Irene The Infant Microbiome angl angl journal 2016 Vol 65 no 1 P 76 88 doi 10 1097 NNR 0000000000000133 PMID 26657483 Wall R Role of Gut Microbiota in Early Infant Development neopr Clinical Medicine Pediatrics 2009 4 March t 3 S 45 54 ISSN 1178 220X doi 10 4137 cmped s2008 PMID 23818794 Mueller Noel T The infant microbiome development mom matters angl angl journal Cell Press 2015 February vol 21 no 2 P 109 117 doi 10 1016 j molmed 2014 12 002 PMID 25578246 Clarke G et al Minireview Gut microbiota the neglected endocrine organ angl angl journal 2014 August vol 28 no 8 P 1221 1238 doi 10 1210 me 2014 1108 PMID 24892638 Shen S Bugging inflammation role of the gut microbiota neopr Clin Transl Immunology 2016 T 5 4 doi 10 1038 cti 2016 12 PMID 27195115 Effect of probiotics on central nervous system functions in animals and humans a systematic review angl J Neurogastroenterol Motil journal 2016 July vol 22 no 4 P 589 605 doi 10 5056 jnm16018 PMID 27413138 Musso G Obesity Diabetes and Gut Microbiota The hygiene hypothesis expanded angl angl journal 2010 28 September vol 33 no 10 P 2277 2284 doi 10 2337 dc10 0556 PMID 20876708 Turnbaugh Peter J Diet Induced Obesity Is Linked to Marked but Reversible Alterations in the Mouse Distal Gut Microbiome angl angl journal 2008 April vol 3 no 4 P 213 223 doi 10 1016 j chom 2008 02 015 PMID 18407065 Drake M J The urinary microbiome and its contribution to lower urinary tract symptoms angl Neurourology and Urodynamics journal 2017 April vol 36 no 4 P 850 853 doi 10 1002 nau 23006 PMID 28444712 Arhivirovano 3 fevralya 2020 goda Aragon I M The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease angl European Urology Focus journal 2018 January vol 4 no 1 P 128 138 doi 10 1016 j euf 2016 11 001 PMID 28753805 Schmiemann G The Diagnosis of Urinary Tract Infection A Systematic Review angl Deutsches Aerzteblatt Online journal 2010 Vol 107 no 21 P 361 367 doi 10 3238 arztebl 2010 0361 PMID 20539810 Davydov D Govoryat chto disbioz vlagalisha ochen slozhno vylechit Pravda arh 28 avgusta 2023 Tinkoff zhurnal 2023 18 avgusta Sobel J D Vaginitis in adults Initial evaluation angl Up To Date 2023 July Petrova Mariya I Lactobacillus species as biomarkers and agents that can promote various aspects of vaginal health angl Frontiers in Physiology journal 2015 Vol 6 P 81 doi 10 3389 fphys 2015 00081 PMID 25859220 Review article fungal microbiota and digestive diseases angl angl journal 2014 April vol 39 no 8 P 751 766 doi 10 1111 apt 12665 PMID 24612332 Witkin S S Bacterial flora of the female genital tract Function and immune regulation angl Best Practice amp Research Clinical Obstetrics amp Gynaecology journal 2007 Vol 21 no 3 P 347 354 doi 10 1016 j bpobgyn 2006 12 004 PMID 17215167 Onderdonk A B Methods for quantitative and qualitative evaluation of vaginal microflora during menstruation angl angl journal 1986 Vol 51 no 2 P 333 339 PMID 3954346 Fox Chelsea Maternal microbiome and pregnancy outcomes neopr Fertility and Sterility 2015 T 104 6 S 1358 1363 doi 10 1016 j fertnstert 2015 09 037 PMID 26493119 Wassenaar T M Is a foetus developing in a sterile environment neopr Letters in Applied Microbiology 2014 T 59 6 S 572 579 doi 10 1111 lam 12334 PMID 25273890 Schwiertz Andreas Microbiota of the human body implications in health and disease angl 2016 ISBN 978 3 319 31248 4 Franasiak Jason M Reproductive tract microbiome in assisted reproductive technologies angl Fertility and Sterility journal 2015 Vol 104 no 6 P 1364 1371 doi 10 1016 j fertnstert 2015 10 012 PMID 26597628 Sutter V L Anaerobes as normal oral flora angl angl journal 1984 Vol 6 Suppl 1 P S62 S66 doi 10 1093 clinids 6 Supplement 1 S62 PMID 6372039 Purnima Kumar Oral microbiota and systemic disease neopr Anaerobe 2013 December t 24 S 90 93 doi 10 1016 j anaerobe 2013 09 010 PMID 24128801 Arweiler Nicole B Netuschil Lutz Microbiota of the Human Body Implications in Health and Disease angl Springer Cham P 45 60 ISBN 978 3 319 31248 4 Avila Maria The Oral Microbiota Living with a Permanent Guest angl angl journal 2009 Vol 28 no 8 P 405 411 ISSN 1044 5498 doi 10 1089 dna 2009 0874 PMID 19485767 Rogers A H editor Molecular Oral Microbiology neopr angl 2008 ISBN 978 1 904455 24 0 Zarco M F The oral microbiome in health and disease and the potential impact on personalized dental medicine angl Oral Diseases journal 2012 Vol 18 no 2 P 109 120 ISSN 1354 523X doi 10 1111 j 1601 0825 2011 01851 x PMID 21902769 Arhivirovano 6 aprelya 2023 goda Beringer P M Unusual respiratory bacterial flora in cystic fibrosis microbiologic and clinical features angl Current Opinion in Pulmonary Medicine journal angl 2000 November vol 6 no 6 P 545 550 doi 10 1097 00063198 200011000 00015 PMID 11100967 Arhivirovano 16 oktyabrya 2013 goda Copeland CS The World Within Us Health and the Human Microbiome Arhivnaya kopiya ot 7 dekabrya 2019 na Wayback Machine Healthcare Journal of New Orleans Sept Oct 2017 Honda Kenya The microbiota in adaptive immune homeostasis and disease angl Nature journal 2016 7 July vol 535 no 7610 P 75 84 doi 10 1038 nature18848 Bibcode 2016Natur 535 75H PMID 27383982 Burton J H Addition of a Gastrointestinal Microbiome Modulator to Metformin Improves Metformin Tolerance and Fasting Glucose Levels angl angl journal 2015 Vol 9 no 4 P 808 814 doi 10 1177 1932296815577425 PMID 25802471 Garrett W S Cancer and the microbiota angl Science 2015 3 April vol 348 no 6230 P 80 6 doi 10 1126 science aaa4972 Bibcode 2015Sci 348 80G PMID 25838377 Gagniere J Gut microbiota imbalance and colorectal cancer angl angl journal 2016 Vol 22 no 2 P 501 518 doi 10 3748 wjg v22 i2 501 PMID 26811603 Sartor R Balfour Intestinal Microbes in Inflammatory Bowel Diseases neopr The American Journal of Gastroenterology Supplements 2012 July t 1 1 S 15 21 doi 10 1038 ajgsup 2012 4 Hold Georgina L Role of the gut microbiota in inflammatory bowel disease pathogenesis What have we learnt in the past 10 years angl angl journal 2014 7 February vol 20 no 5 P 1192 1210 doi 10 3748 wjg v20 i5 1192 PMID 24574795 Zilberman Schapira Gili The gut microbiome in human immunodeficiency virus infection angl angl journal 2016 Vol 14 no 1 P 83 doi 10 1186 s12916 016 0625 3 PMID 27256449 Vanagay Pajau et al US immigration westernizes the human gut microbiome angl Cell journal Cell Press 2018 1 November vol 175 no 4 P 962 972 doi 10 1016 j cell 2018 10 029 PMID 30388453 Arhivirovano 21 iyulya 2022 goda Kaplan Robert C Gut microbiome composition in the Hispanic Community Health Study Study of Latinos is shaped by geographic relocation environmental factors and obesity angl angl journal 2019 1 November vol 20 no 1 P 219 ISSN 1474 760X doi 10 1186 s13059 019 1831 z PMID 31672155 uBiome angl Wikipedia 2020 08 25 Viome Company Profile and Leadership neopr Viome Data obrasheniya 20 oktyabrya 2020 Arhivirovano 21 oktyabrya 2020 goda Why Biohm Health Overall Wellness by Optimizing Gut Health angl BIOHM Health Data obrasheniya 20 oktyabrya 2020 Arhivirovano 23 oktyabrya 2020 goda Our Science angl Thryve Gut Health Program Data obrasheniya 20 oktyabrya 2020 Arhivirovano 21 oktyabrya 2020 goda Blog sloven iBIOM Data obrasheniya 20 oktyabrya 2020 Arhivirovano 23 oktyabrya 2020 goda Mikrobiota rus Blog Atlasa Data obrasheniya 20 oktyabrya 2020 Arhivirovano 22 oktyabrya 2020 goda Gut microbiota and Covid 19 possible link and implications angl Virus Research 2020 08 01 Vol 285 P 198018 ISSN 0168 1702 doi 10 1016 j virusres 2020 198018 Arhivirovano 21 oktyabrya 2020 goda Lung microbiome and coronavirus disease 2019 COVID 19 Possible link and implications angl Human Microbiome Journal 2020 08 01 Vol 17 P 100073 ISSN 2452 2317 doi 10 1016 j humic 2020 100073 Arhivirovano 21 oktyabrya 2020 goda

20 Июл, 2025 / 21:40
NiNa.Az

NiNa.Az

NiNa.Az - Абсолютно бесплатная система, которая делится для вас информацией и контентом 24 часа в сутки.
Взгляните
Закрыто
© 2019 NiNa.Az - Все права защищены.
Авторские права: Dadash Mammadov